解剖、生理和病理
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藏医人体解剖生理学大致有以下内容：
七基质。藏医认为，人体由血、唾液、骨、髓、脂肪、肉、精等七种基本物质所构成，这些物质在体内都应该保持一定的量，互相间协调和平衡，任何失衡都将引起人体发生疾病。七基质中的任何一种，在体内都有其固定的量，古代藏医是用比较粗略的计量方法来计算的。如女子的血和男子的精各为2捧量(双手合拼作碗状为捧)，人的脑髓也只有2捧。男性全身的肌肉量，约合500拳(握拳)，女性则是520拳，其原因是女性的胸部及臀部的肉各多出10拳的量来。这里需略加说明的是女性的血，不是一般身体里流动的那些血液，而是与繁殖后代有关的有生殖机能的血液，所以它的量与男性的精液相同，是2捧。至于一般的血液，不论男女，其量均一样，为14捧。
人体还有三秽，就是三种排泄物，即汗液、尿液和粪便。藏医认为，人体内的汗液共有4捧，尿液共有8捧，粪便有14捧。这三秽有固定的量，失调都可使人致病。这里的汗、尿、粪的量，不能单纯地理解为我们每日肉眼所能见到的这些排泄物，而是它在正常人体生理状态下所有的可见的与不可见的量，例如，汗液可以是在没有排出体外时或者以微量排出，不易为人体觉察到的，即不可见的排汗。就这一点来说，藏医对人体的汗、尿、粪的概念，的确是有科学的认识。
藏医认为，人体有五脏六腑。五脏指心脏、肝脏、脾脏、肺脏和肾脏，六腑指大肠、小肠、胃、膀胱、胆和三姆休。就五脏六腑本身来说对它们各自的功能，藏医叙述得比较笼统，不如中医明确。例如对于心脏，藏医认为它主要与人的精神状态有关，表现为记忆力的变化、神志的异常等。作为脏腑，除了三姆休一腑比较明确地被认为是与生殖机能有关的内脏之外，其他的则比较笼统。因此，作为脏腑这一人体中的主要构造成分，对其重要性与生理病理意义认识，似乎还不如“龙”、“赤巴”和“培根”。
藏医还认为，人体上有许多孔窍，其中，大而明显的孔窍共9个，即鼻孔2，耳窍2，目窍2，口1个，尿窍1个及肛口孔1个。女性多3个窍，即乳头有2窍，性器官为1个窍，共12个窍。藏医认为，人身共有毛发21000根，全身还分布着许许多多的小孔。一肢体有3500000个，四肢共1400万个小孔；颈部以上有700万个；躯干的其余部分则有另外1400万个小孔。
藏医还认为，人体的身高应该与双臂平伸的长度相等，即是肘半，与此不符的，表明其比例不佳，这与当地的自然环境、气候、地域以及个体因素禀赋不同等密切相关。
藏医对人体骨骼有较深入的研究，认为人身共有骨骼360块，其中：
颅骨
4块
小胁骨
2块
头背骨
8块
小背骨
1块
颈背骨
2块
骶骨
2块
齿骨(牙骨)
32块
臂骨(肩2，肘2，脘2)
6块
齿窝骨
32块
手骨
50块
锁骨
2块
指甲及趾骨
60块
脊椎骨
28块
指甲及趾甲窝骨
20块
胸骨
15块
小腿骨
70块
胁骨
24块
共计
360块
如果用现代科学的标准来衡量，这个数目不一定完全正确，因为全身骨骼实际上只有200多块，但我们也应认识到，这些数字是在千年以上的古代藏医留下来的，而且其统计方法与现代不完全相同，如把指甲、牙齿均算入骨骼中，其数目当然会多出一些来。
最值得一提的是，古代藏医已经叙述了人体内一些管线系统，也就是我们所说的脉管。在藏医看来，脉管有多种。大致说来，可以分为黑白两种脉。其中白脉十分重要，它起自脑部，在《四部医典》中曾提到“从脑部脉的海洋里，像树根一样向下延伸，司管传导的水脉有19条”。这些白脉从脑部向下，分布到全身，事实上相当于我们所说的神经。因为藏医认为，白脉如受伤或患病，则可引起肢体的运动失调。
关于黑脉，则相当于血管，并且能区别出跳动的脉和不跳动的脉，大致有初成脉、普遍脉、联合脉和维持生命脉。藏医认为，这些脉有几个中心，像车轮一样向四周辐射分布：脐轮、冠轮、喉轮、胸轮及阴部轮。其中，脐轮是最重要的中心。由这些中心发出的脉，分布至全身。
对于人体内各种脏器的生理机能，古代的藏医用生活中的各种活动和所需的用品来作比喻。
心脏——国王，端坐在宝座上，居人体胸腔的正中。
肺脏——犹如大臣和太子，围绕着君王。肺共有10叶，其中5叶为母肺，5叶为子肺。
肝脏和脾脏——似君王的大小后、妃，远处在君王下端，但关系又很亲密。
肾脏——很像一座房屋的屋梁，十分重要，没有它，身体就不成一栋大厦。它又如一国中的外戚。
三姆休——相当于中医的三焦。但藏医认为，它在男性指精囊，在女性则指卵巢，犹如一国中的珍宝库。
胃——等于一个家庭中的炒锅，是装盛食物的，且负责把食物煮熟。
小肠、大肠——在一个国家中，它们的位置等于王后的奴仆。
胆——是一个风皮袋，内可盛装重要的东西。
膀胱——在家庭中，好比一个储水罐，用来装盛水。
以上是对内脏、即五脏六腑功能的形象认识。对于其他结构，也有所认识，如认为头发、头盖骨像屋顶，胁骨如椽子，脊柱如柱子，肌肉如砖瓦等等。作为一种古代传统医学，藏医在当时还缺乏实验手段，尤其是没有精巧的仪器，所以难于有今天那样精密而科学的认识。但从上面这些叙述，可以看出古代藏医业已有了对人体粗略而笼统的认识，而且也是较为科学的。
对于食物进入人体后的消化、吸收、排泄过程。藏医认为，应包括以下步骤：
当食物经过在口腔中充分咀嚼，变得很细碎以后，由“维命龙”把它从口腔送入胃中。在这里，消化“赤巴”参加了消化过程，使食糜变得温热，并把食糜分成两部分，即有营养的精微部分和糟粕部分。后者进一步消化，分解成液体部分和固体部分。其中，液体部分进入膀胱，就变成尿液排出体外；固体部分则在黑肠(就是大肠)最后变成粪便，排出体外。
关于精微部分的变化，藏医认为，它经过一条叫做“当玛红派”的脉，被输送到肝脏，在这里，相应的“龙”、“赤巴”、“培根”参与作用，把它变成了更精微物，最后输入精囊。
营养精微又逐渐变成血液。藏医认为，人体内的血液有两种，一种是比较精炼的部分，分布到身体各部分，使肌肉不断丰满成长，另一种非精炼的部分入胆，使胆汁增多。
人体的肌肉也分成两部分，即精炼的精微部分和非精炼的粗糙部分。前者成为脂肪，贮存于体内；而非精炼的部分则由各种孔窍排出体外。
脂肪也分成两部分，其中的精炼部分有助于骨骼的生长；而非精炼的粗糙部分则存在于关节及其它部位，起到骨骼关节及内脏的滑润作用，同时又形成汗液。
骨骼也有两部分，其中的精炼部分协助形成骨髓，使其生长增快；而非精炼的粗糙部分则形成牙齿以及指(趾)甲、毛发等，覆盖人体表面起保护作用。
髓也分成精炼部分和非精炼部分，前者促进精液和母血的生长和增多；粗糙部分则位于肛门周围，协助这一部位肌肉生长。
人体的精也有两部分，其精炼部分存留于心脏中，形成人的精神，使人神采光泽，面有华色，与人的寿命有关；而其粗糙部分则于性交时泄出。尽管这部分精液被认为是粗糙部分而排出体外，但它却是人体生殖繁衍所不可缺少的。
以上是藏医7种基质形成和变化过程。这与现代科学对人体这些物质代谢过程的认识虽不尽吻合，但其中相当大的部分是比较接近的。至少，藏医认为人体中各种物质都是处在不断变化之中，也就是代谢的过程中，这个观点是正确的。
藏医甚至还对这个变化过程所需要的时间，作出了粗略的估计。如认为经过消化的食物精微，在第一天变成血液，第二天变成肉，第三天变成脂肪，第四天脂肪形成骨，第五天骨又变成髓，第六天髓形成精。
人为什么会生病，这对于藏医来说，有它自己一套独特的认识。
可能受到佛教哲学的影响，藏医认为，人身有三毒，亦即食、瞋、痴。这三毒可以分别导致体内“龙”、“赤巴”、“培根”的增多，诱发各种疾病。三毒事实上是疾病的内因，也即因精神状态的异常而引起的疾病。
藏医又认为，人体发生的疾病，大致可分为寒性、热性两大类。由于人体内“培根”这一因素的增多，常发生寒性病。“培根”的本性是凉而重，其性向下，如果由于三因素失调，“培根”增多，则病表现为寒性，多聚集于身体下部，表现身体重惰，身体偏凉，属于寒性疾病。热性病则反之，“赤巴”因素属热，其性向上，所以过多的“赤巴”可使身体上部产生症状。就季节而言，寒性病，“培根”病多发生在冬季，也可能在春季暴发；而热性病，“赤巴”病则多发生在夏季，也可在秋季暴发。
另外，藏医还认为，食物不适，不良的习惯和行为等，也可以引起疾病。受宗教的影响，藏医还认为，人世间有360种害人的精灵魔鬼，也可导致人体发生种种病症。而人体患病的种类，可以分成404种，其中由于三因素的不平衡所引起的疾病有101种，即“龙”病42种，“赤巴”病26种，“培根”病33种。