1.外资企业涉足医药第三方电子交易平台领域。入世后，随着我国对医药分销服务开放，外资已经开始试探性地进入我国医药流通行业。 这些有着相对成熟管理经验和雄厚资金后盾的外资企业可以进入电子商务、物流、在线支付等领域，这其中也包括在我国刚刚起步的医药第三方电子交易平台。因此国内现有的平台在迎来新机遇的同时，更要面临新的竞争压力。

    2.来自行业联盟的威胁。2005年4月，由京、津、沪、渝、穗五大中心城市的医药龙头企业发起的“中国医药商业经济联盟”正式宣布成立。作为迄今为止中国医药行业最重量级的联盟，如果各企业能利用已有的B2B平台组建行业联盟交易所，第三方交易平台的势力极有可能被削弱。

    3.我国医药企业信息化建设水平尚处于初级阶段。根据来自国家信息中心的调查，被调查医药企业在回答“企业网站主要用途”一项中：回答用作“发布信息”的占11.7%；“未建网站”的占18.4%；同时选“发布信息”和“客户联系”占24.7%； 同时选“发布信息”、“客户联系”和“洽谈业务”的占15.5%；选“网上销售”、“网上采购”或“网上支付”的比例均小于3% ......