α-葡糖苷酶抑制剂量最常见的不良作用是
胃肠道
副作用，如腹部不适、胀气、排气、
腹泻等。一般随治疗的延长，副作用会渐渐消失；如副作用较为严重，可适当加用胃动力药，如
吗叮啉或普瑞博思。
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有明显
胃肠功能紊乱或严重
疝气者，以及
孕期和
哺乳期妇女不宜使用。
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单用α-葡糖苷酶抑制剂不会出现
低血糖，但在和磺脲类口服
降糖药或
胰岛素合用时也会出现低血糖，由于肠道内α-葡糖苷酶已被抑制，蔗糖等双糖及淀粉等不能迅速吸收，因此，出现低血糖时应口服或静脉注射
葡萄糖。