HIV基因组由两条单链RNA组成，每个RNA基因组约为9.7k，在RNA5′端有一帽结构(m7G5ppp5′GmpNp),3′端有poly(A)尾巴。HIV的主要基因结构和组合形式与其他反转录病毒相同，均由5′末端长重复(long terminal repeat， LTR)、结构蛋白编码区(gag)、蛋白酶编码区(pro)、具有多种酶活性的蛋白编码区(pol)、外膜蛋白(env)和3′末端的长重复LTR区组成。HIV较其他反转录病毒复杂，因为它有较多的调节基因，故称为复杂反转录病毒，以区别于没有或只有很少调节基因的反转录病毒。为最大程度地利用有限的基因，HIV1基因编码区有很多重叠，尤其在基因组3′端。其部分基因如Tat和Rev是不连续的，被插入的内含子分隔成两个外显子。HIV1至少有4个功能性的剪接供体位点和6个剪接受位点。