一、基因组结构
HSV-2基因组为双链线性DNA分子，碱基组成含69%G+C，分子量为96×106D。根据基因组两个通过共价键相连的分别被称为L(长)和S(短)的组分的方位不同，HSV-2DNA可有四种异构体。L组分包括82%的病毒DNA，并且有一独特序列“U”，其两侧有一反转重复区域ab或b′a′，分别含6%病毒DNA。S组分占18%的病毒DNA，也有一独特序列(US)，其两侧亦有反转重复序列a′c′和ca。a′c′和ca分别含4.3%DNA。彼此相关的L和S序列的倒置衍生于位点特异性重组，重组是由末端“a”序列区的病毒基因产物介导的。HSV-2DNA两端可连接成环状，此结构与病毒的致癌与潜伏有关。HSV-2DNA中L和S的末端重复序列主要编码特定的即刻早期转录产物，而独特序列主要编码特定的早期及晚期多肽和糖蛋白。
HSV-2有三类基因，即α、β、γ。其中α基因在感染中最早表达且不需要前病毒蛋白的合成；β基因的感染需要α蛋白的预先合成；γ基因的表达需要病毒DNA的复制。现已证实HSVmRNA可合成三类基本蛋白：急早期(immediate early，α)、早期(early，β)和晚期(late，γ)蛋白，β蛋白在DNA复制中起作用，包括胸苷激酶，DNA多聚酶及大多数DNA结合蛋白，而大部分糖蛋白则多为γ蛋白。HSV-2蛋白合成呈连锁调节，即α基因产物诱导β基因表达，而β基因产物(加上一种α蛋白ICOP4)反过来又可终止α基因表达，同时诱导γ基因的表达，γ基因产物则可负调节β基因的表达并且可作为下一轮病毒复制合成α蛋白的起始信号。
迄今为止，已有6个编码糖蛋白的基因已定位于HSV-2线性位点上，其基因产物分别被命名为gB、gC、gD、gE、gG和gH，编码gB、gC的基因位于UL区，而编码gD、gE、gG和gH的US区。
二、与诱导细胞转化有关的基因定位
Aurelian对所有实验中HSV-2感染的细胞株(包括肿癌细胞株)作了分析，发现病毒DNA共有的序列仅两处，一处是Bg1ⅡG片段，位于0.21-0.33图单位,该DNA序列与感染细胞在低血清培养剂中的增殖有关,而与病毒致癌无关;另一处是Bg1ⅡC片段,位于0.45～0.58图单位,能诱导细胞转化.HSV-2诱导仓鼠胚胎成纤维细胞转化的DNA区域位于Bg1Ⅱ/Hpal-CD片段,相当于0.44～0.52图单位.HSV-2DNA的Bb1ⅡN片段位于0.58～0.63图单位,为形态学转化区,已知0.58～0.628中无特定的编码功能.L+K-细胞株或3T3tk-细胞株能通过HSV-2感染转化成TK+表型,导致转化所需的HSV-2DNA序列位于0.28-0.32图单位。, 百拇医药