有人认为，全球系统遵循的是系统演化的非线性混沌动力学，几乎所有的自然定律都是非线性的；中医与西方现代科学和现代医学的不可通约性也因此而逐渐改变。本文试用1980年代以来的新兴科学理论诠释中医的(自然)科学基础和科学方法。

    元气本体论与宇宙发展时间表

    对于宇宙的发生和发展，《黄帝内经》表述的总纲是“太虚寥廓。肇基化元，万物资始。五运终天，布气真灵，揔统绅元。九星悬朗，七曜周旋，曰阴曰阳，曰柔曰刚，幽显既位，寒暑弛张，生生化化，品物咸章(《素问·天元纪大论》)。

    一、太虚寥廓 中国科学把宇宙的发生过程称做“肇基”，肇基产生的宇宙只不过占有辽阔太虚的一部分空间。因此，多宇宙、暗宇宙理论都是可以理解的。大爆炸理论认为宇宙的形成是顷刻间发生的事情；大爆炸前的一瞬间，宇宙只是一个漂流在一个没有时间的空间里的豌豆状的微小物体。若昂·马盖若则认为，它是一个比较平稳变化的，物质从无物之海( a sea of nothing)中形成的过程。

    长期以来人们一直认为宇宙是扁平的无限的。最近，有人提出宇宙的形状似足球或似顶端无限延伸的埃菲尔铁塔。通过数学证明，宇宙的形状无限，容量却是有限的；说“宇宙是无限的”只有相对的意义。

    二、肇基化无，万物资始 肇基的同时化生了元气，元气资始生成万物；元气的基本单元是“能始”。“阴阳者，万物之能始也”，“阴，在内，阳之守也；阳，在外，阴之使也”(《素问·阴阳应象大论》)，唐·王冰注曰：“能始，万物生成之始也”。“能始”一词表明，是中国科学家在世界上率先提出了“能”和能量转化为物质的概念和粒子的信使理论，然而，直到1970年代末尚无人能够解释“能始”的确切含义是什么。

    1960年代末70年代初物理学兴起一门新学科——弦论。弦论的基本假设是，一切基本粒子其实都是极小一段类似弦一样的物体。弦有各式各样的振动模式，每一种模式就代表一种粒子，形成重力波的粒子也是振动模式之一。1980年代，弦论被赋予一种叫做超对称性的假定性质，因而又被改称为超弦论。所谓超对称性，就是把亚原子粒子划分成两种。一种粒子构成物质的基本组件，叫费密子，如质子、电子和中子 ......