人类基因组计划的完成，标志着后基因组时代即功能基因组时代的到来。基因仅是遗传信息的携带者，而生命活动的本质却是不同功能蛋白质在时间和空间上有序和协同作用的结果。仅从mRNA表达水平并不能预测蛋白的表达，同时蛋白质的翻译后修饰(如糖基化、磷酸化、乙酰化)、剪切加工(如酶原降解、结构域拼接)、转运定位、结构变化、蛋白与蛋白分子及其它分子的相互作用等均无法在基因水平上获知。基因组计划的实现并不能提供认识各种生命活动直接的分子基础，还有待于在蛋白质层面予以揭示和阐述。随着人类蛋白质组计划的实施，蛋白质组研究已成为21世纪生命科学的焦点之一。

    肝肿瘤是一种多基因参与的复杂疾病，应用蛋白质组学技术能够动态、整体、定量地观察肝肿瘤发生、发展过程中蛋白质种类和数量的变化，可确定全部蛋白质表达谱，有助于进一步阐明肝肿瘤的发生、发展机制，发现新的预警分子、诊断标志、药物靶标和创新药物。

    1 蛋白质组学及其在医学研究中的意义

    1994年Wilkins和Wiliams首先提出了蛋白质组的概念 [1] ，其定义是某一种细胞、组织或生物体的基因组在特定的时间和空间上所表达的全部蛋白质及其存在方式。以蛋白质组为研究对象，在整体水平上研究蛋白质的组成与调控活动规律的学科称为蛋白质组学。蛋白质组学的研究范畴包括对所有蛋白质和蛋白质间以及蛋白质与核酸间相互作用的研究，蛋白质组及其组成质点的分离、分析与鉴定，蛋白质结构分析，生理与病理状态或不同发育阶段的蛋白质组表达差异的研究以及丰富与完善蛋白质信息库等。研究表明，大约仅有2%的疾病与基因序列有关，约98%的疾病与蛋白质的表达有关 [2] 。应用高通量的蛋白质组技术可以整体研究某种疾病引起的蛋白表达或修饰的变化，揭示在病理状况下异常表达的蛋白质以及疾病不同时期的蛋白标志物，为了解疾病的发病机制，进行早期诊断、针对性治疗和预后判断提供依据。

    此外，蛋白质组学在药学研究中也具有重要意义。通过比较药用活性化合物处理(治疗)前后，模型细胞或组织的蛋白质组的表达差异并鉴定发生了相应变化的蛋白质，可揭示药物的作用机理并进行新药筛选;通过对耐药和对药物敏感的致病菌蛋白质组的比较分析，可揭示致病菌耐药机制以及设计新的治疗药物。蛋白质组学也可用于发现新的药靶蛋白及进行药物的毒理学研究等。

    近年来，蛋白质组技术也渐渐被引入到细胞凋亡、生殖医学和胚胎干细胞等研究领域，用于筛选与凋亡有关的蛋白，了解生殖以及胚胎早期发生与分化的分子机制。

    2 蛋白质组学研究的相关技术

    蛋白质组学研究主要依赖三大技术:蛋白质分离技术、蛋白质鉴定技术和生物信息学 ......