在中药材种植过程中，自然环境的破坏和污染同样使药材的质量发生变化。我国就曾经出现过出口的野山参因“有农药残留”退回的情况。人们很奇怪，野山参一直生活在深山老林里，哪来的农药残留？原来在几十年前，为了消灭病虫害，当地有关方面曾用飞机喷洒过农药。云南中医学院的李庆生院长指出：“考察许多濒危中药资源的成因，较为重要的一个因素就是其生态环境、生物群落遭到破坏而严重衰败。这不仅会引起中药资源数量的减少，更会导致其有效成分变异和含量下降。”

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