阴阳在中医理论中的广泛应用及概念、含义的丰富，应发端于《黄帝内经》，其涉及的主要篇章不下数十篇。《内经》对于阴阳的概念、含义，以及临床应用的意义等均作了深入阐发。其中包括了分类学的含义。

    用阴阳进行事物分类

    在《内经》理论中阴阳首先是作为事物分类的两种不同属性，如天为阳，地为阴；日为阳，月为阴；火为阳，水为阴；动为阳，静为阴等。即阴阳是在有限系统中进行二分分类的方法，阴阳所代表的属性通常是相反的、相对的、相区别的。如《素问·金匮真言论》：“夫言人之阴阳，则外为阳，内为阴。言人身之阴阳，则背为阳，腹为阴。言人身之藏府中阴阳。则藏者为阴，府者为阳。肝心脾肺肾五藏，皆为阴。胆胃大肠小肠膀胱三焦六府，皆为阳。”“背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也；腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。此皆阴阳表里内外雌雄相俞应也 ......