长链非编码RNA CRNDE 通过调控NPHS1的表达促进糖尿病肾病足细胞损伤
林卡帅?邱月?董兰?周姗姗?黄俊?秦曙光?何凤【摘要】目的 探討长链非编码 RNA(lncRNA)在糖尿病肾病(DN)发生发展中的作用。方法 收集临床肾活组织检查标本,采用RNA-seq 测序技术检测DN组与正常对照组(NC组)肾组织中差异表达的lncRNA及mRNA。通过 GO、KEGG数据库分析差异表达mRNA的生物学功能,并通过共表达网络分析预测差异表达lncRNA的相互作用基因。采用实时荧光定量 PCR(qRT-PCR)检测目标lncRNA、mRNA 在DN肾组织中的相对表达水平。结果 RNA-seq 测序结果表明,与NC组相比,DN组共有353个差异表达的lncRNA,其中224个表达上调,129个表达下调。qRT-PCR 结果显示,DN组中CRNDE、PVT1和 BLZF2P 相对表达水平较NC组升高(P均 2)处理数据以选择差异表达基因(DEG)。此外,分别采用GO、KEGG数据库进行功能和信号通路富集分析。使用R软件“ggplot2”“easygplot2”软件包,通过dotplot和joyplot将KEGG结果中最丰富的信号通路(调整后的P < 0.01)可视化。Cytoscape(版本3.6.0)用于基于差异表达的lncRNA和mRNA进行共表达网络分析。
四、统计学处理
采用SPSS 22.0进行统计学分析,DN组与NC组肾组织组间差异采用独立样本t检验。差异表达的lncRNA与mRNA之间关系采用Spearman秩相关分析。P < 0.05为差异有统计学意义。
结果
一、lncRNA CRNDE在人DN肾组织中表达上调
DN组与NC组间鉴定出353条差异表达的lncRNA,与NC组相比,DN组中有224条表达上调,129条表达下调。其中以 |log2FC| ≥2且P≤ 0.01为筛选条件,选取了DN组中显著差异表达的上调和下调各20条lncRNA,见图1A。同时,图1B的火山图显示了DN组与NC组间总的差异表达的lncRNA。进一步,采用qRT-PCR对样本进行验证,与测序结果一致,PVT1(t = -12.518,P < 0.001)、CRNDE(t = -13.964,P < 0.001)和BLZF2P(t = -12.817,P < 0.001)的表达水平在DN组中相对NC组上升,而ST13P6(t = 11.409 ......
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