曾小丽 李生娇 单铮男 殷俊豪 姜吉蕊 郑章龙 李家

    1.上海牙组织修复与再生工程技术研究中心，同济大学附属口腔医院·同济大学口腔医学院口腔颌面外科，上海200072；2.上海牙组织修复与再生工程技术研究中心，同济大学附属口腔医院·同济大学口腔医学院修复科，上海200072

    牙周炎是一种常见的口腔科疾病，慢性牙周炎的持续进展将导致牙齿的松动、脱落乃至口腔咬合功能的完全丧失[1-3]，作为被多种因素混杂影响的慢性炎症性疾病，牙周炎的发生、发展过程中有大量基因及基因产物参与其中，因此，寻找牙周炎发病过程中的关键基因及相关因子是目前研究的一大热点。

    随着高通量技术的发展，通过芯片或测序等技术研究疾病与对照组间的基因表达谱的差异成为筛选致病基因的有力工具。基因表达量的变化往往预示着生理过程的改变或病理过程的发生，与此同时，基因编码的产物所涉及的分子功能、生物过程、信号通路则可能与疾病的发生发展相关。由于慢性牙周炎的发生发展是多种基因及其产物的共同作用效果，单个基因或蛋白的表达变化往往不足以完全反映疾病的发展过程。此外，由于样本数目小以及芯片检测平台的差异，过去不同研究者获得结果并不完全一致，甚至可能互相矛盾。因此，本实验基于大样本量、相同检测平台等检索要求，从基因表达综合(gene expression omnibus，GEO) 数据库中筛选并获得符合标准的两个慢性牙周炎相关数据集GSE10334 和GSE16134 并深入分析其中差异表达基因的功能、相关通路以及核心模块、基因，为未来的研究指明方向[4-5]。

    1 材料和方法

    1.1 基因芯片数据获取

    在GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 中以 “牙周炎(periodontitis)” 为关键词检索相关芯片，并筛选基于同一检测平台且样本量大于100 的基因表达数据集，获取了2 组符合标准的数据集：GSE10334 和GSE16134。两组数据集均采用美国Affymetrix 公司提供的Human Genome U133 Plus 2.0 Array 基因芯片进行检测，平台号为GPL570。两组芯片数据的样本采集于中重度牙周炎患者炎性区域牙龈组织(试验组) 和健康牙龈组织(对照组)，两组使用相同的采样方法，并具有一致的样本纳入标准和临床分型指标[4-5]。其中，GSE10334 的芯片数据来源于90 位患者的247 例样本(183例病变，64例健康)；GSE16134的芯片数据来源于120 位患者的310 例样本(241 例病变 ......