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编号:2272924
基于机器学习和生物信息学分析的脂肪酸代谢相关基因在牙周炎中的作用研究
http://www.100md.com 2024年12月16日 华西口腔医学杂志 2024年第6期
    

    [摘要]目的 通过机器学习和生物信息学方法研究脂肪酸代谢相关基因在牙周炎中的作用。方法 从GEO数据库下载牙周炎数据集GSE10334和GSE16134,GeneCards数据库下载脂肪酸代谢相关基因集。通过R语言“limma”包筛选牙周炎中差异表达的脂肪酸代谢相关基因(DEFAMRGs),并进行功能富集和通路分析。进一步用递归特征消除、最小绝对收缩和选择算子和Boruta算法确定枢纽DEFAMRGs,并用其构建诊断模型且进行内部和外部验证。利用一致性聚类分析构建枢纽DEFAMRGs相关的牙周炎亚型。利用CIBERSORT软件分析牙龈组织的免疫细胞浸润,并探究枢纽DEFAMRGs和免疫细胞之间的相关性。结粜共筛选出113个牙周炎DE-FAMRGs。富集分析结果表明,DEFAMRGs主要和免疫炎症反应以及免疫细胞趋化相关。最终确定8个枢纽DE-FAMRGs(BTG2、CXCL12、FABP4、CLDN10、PPBP、RGS1、LGALSL和RIFl)并构建了诊断模型(AUC=0.967),基于此将牙周炎分为两个亚型。此外,枢纽DEFAMRGs与不同免疫细胞群体之间存在显著的相关性 ......

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