eEF2K蛋白同源模建及其抑制剂小分子的虚拟筛选研究(3)
2.2 Hypogen药效团模型构建将图1中编号为奇数的eEF2K抑制剂小分子作为训练集(共28个),编号为偶数的作为测试集(共27个)。利用Insight Ⅱ软件中“3D QSAR pharmacphore generation”模块以训练集分子为基础构建具有活性预测能力的Hypogen药效团模型,拟合活性以半数抑制浓度(IC50)的负对数(pIC50)表示。设置“Minimum interfeature distance”为“1.5”、“Conformation generation”为“Best”、“Energy threshold”为“10”,其余参数为默认值,表征各分子的构象空间,保留能量值<10 kcal/mol的分子构象[17],构建Hypogen药效团模型。所建模型通过测试集分子进行验证,以筛选出可靠性及预测能力较好(即预测值与真实值拟合度较好,真实值来源于文献[11-12])的药效团模型,模型验证利用Insight Ⅱ软件中的“Ligand profiler”程序进行,“Conformation generation”设为“Best”、“Energy threshold”设为“10”、“Maximum omitted features”设为“-1”以允许小分子与Hypogen药效团特征元素部分匹配 ......
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