不同种植年限黄连根系土壤细菌PCR—DGGE分析(3)
DGGE图谱聚类结果表明，在61%的水平下所有土样分为3个群，群Ⅰ、群Ⅱ为种植当年和种植一年的正常土壤样品，群Ⅲ为2个种植年限的发病土样，见图3。群Ⅲ与群Ⅰ和Ⅱ存在不同的分支表明正常与发病土壤细菌种群差异较大;在61%水平所有发病样品聚在群Ⅲ，表明发病土壤细菌种群相似;同时种植一年正常土壤细菌类群比种植当年更接近群Ⅲ，表明随着种植年限增加，正常土样细菌类群会趋于接近发病土样;但所有样品中根际与非根际样品细菌种群差异不大。
3.2序列分析对13条DGGE代表性条带进行克隆测序，MEGA6.0构建了代表性序列的系统发育树，见图4。大多数代表性条带为未培养细菌Uncultured bacterium，Clone band g与未培养克吕沃尔菌属Uncultured Kluyvera相似;Clone band k与未培养丛毛单胞菌属Uncultured Comamonas相似。只有3个代表性条带为可培养细菌，其中Clone band d和Clone band l分别属变形菌门 Proteobacteria的食酸菌属Acidovorax和不动杆菌属Acinetobacter;Clone band c为厚壁菌门 Fimicutes的芽孢杆菌属Bacillus ......
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3.2序列分析对13条DGGE代表性条带进行克隆测序，MEGA6.0构建了代表性序列的系统发育树，见图4。大多数代表性条带为未培养细菌Uncultured bacterium，Clone band g与未培养克吕沃尔菌属Uncultured Kluyvera相似;Clone band k与未培养丛毛单胞菌属Uncultured Comamonas相似。只有3个代表性条带为可培养细菌，其中Clone band d和Clone band l分别属变形菌门 Proteobacteria的食酸菌属Acidovorax和不动杆菌属Acinetobacter;Clone band c为厚壁菌门 Fimicutes的芽孢杆菌属Bacillus ......
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