长春花密码子使用偏好性分析(1)

http://www.100md.com 2016年11月15日 《中国中药杂志》2016年第22期

     [摘要] 以长春花为研究对象，分析其密码子使用偏好性，以期为相关基因的异源表达、基因的预测、物种的进化研究提供指导。该研究以长春花的30 437条蛋白质编码序列为数据来源，对长春花密码子组成和密码子偏性的各项参数进行了计算和统计分析。计算了长春花萜类吲哚生物碱(terpenoid indole alkaloids， TIAs)生物合成途径中25个关键酶基因含有大肠杆菌或酿酒酵母稀有密码子的比例。结果显示，长春花基因的平均GC量为42.47%，密码子第3位碱基平均GC量为35.89%。长春花中共有28个密码子的同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage，RSCU)大于1，其中26个以A或T结尾。25个关键酶基因含有大肠杆菌稀有密码子的比例明显高于酿酒酵母稀有密码子的比例。长春花主要偏爱使用以A和T结尾的密码子；相比于酿酒酵母 ......