看不见的微观世界
地球上到处生活着各种各样的微生物，它们看不见摸不着，人类对于这个微观世界的情况几乎一无所知。
先来问个问题：大地球上生活着的微生物总数和宇宙中恒星的数量相比，哪个大？答案是：前者的数量大。
再问一个问题：前者到底比后者大多少呢？10倍？100倍？
根据目前的估算，地球上的微生物总数大约是1030，而宇宙中大约有1022个恒星。也就是说，地球上的微生物总数不仅比宇宙中恒星的总数还要多，而且多1亿倍!
微生物的总数比较容易估算，但种类就不那么容易统计了，因为微生物的体积实在太小，分辨起来十分困难。如果把一头大象比作一个细菌，再把体积的差别换算成距离的话，那么微生物学家们就相当于站在月球的位置上回望地球上的这头大象，那时恐怕就连它是公是母都很难辨别。
在这超出人类想象的距离之外进行科学研究，需要超出常规的研究思路与工具。说到工具，很多人肯定会首先想到显微镜，但显微镜只适合观察，如果要进行生化分析的话，琼脂的作用更加重要。如果你去过微生物实验室，你会发现大家最常用的一个实验工具就是培养皿，里面铺着一层富含营养的琼脂。每一个细菌都能在琼脂表面单独长成一个肉眼可见的菌斑，每个菌斑里含有成千上万个完全一样的细菌，这在生物学术语里叫做一个“克隆”。因为琼脂是半固态的，细菌的位置被固定住了，无法在菌斑之间自由往来，这就等于将一个细菌克隆并扩增到足够大的量，却没有遭受其它细菌的污染。只有这样科学家们才能对其进行生化分析，包括测量其DNA的顺序。
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这个研究模式已经持续了几十年。事实上，分子生物学迄今为止所取得的绝大部分成就都来自对于大肠杆菌的研究。可问题在于，自然界还有很多微生物是没法在培养皿中培养的，因此也就没法被克隆。科学家拿不到足够多的克隆细菌，很多生化检测手段都无法应用。
最早意识到这个问题的是美国科罗拉多大学的科学家诺尔曼·佩斯(Norman Pace)，他把从土壤中采集到的样本全部打碎，提取出里面含有的全部DNA，测量16S核糖体RNA的基因序列。这个16S RNA是蛋白质合成过程中必须用到的一种核酸分子，所有细菌里都有它。不同的细菌之间的16S RNA顺序有点不同，因此可以用来鉴定细菌的种类。让佩斯吃惊的是，测序结果表明绝大多数土壤细菌都是以前从来不知道的新品种。他曾经怀疑这是DNA测序技术本身产生的误差，但后来证明不是这样，土壤微生物确实种类繁多，但因为它们大都没法在培养皿中培养，所以科学家们一直没有任何办法去研究它们。
根据最新的估计，自然界所有的微生物当中超过99%都是无法被人工培养的，因此也就暂时没有任何办法加以鉴定。
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说了半天，我们只说到了细菌。其实微生物当中还包括病毒，它们寄生在细菌的身体内，是细菌的寄生虫。研究显示，地球上的病毒总数大约为1031，也就是说每个细菌周围平均有10个病毒伺机入侵。每毫升海水当中最多可以找到5000万个病毒，这些病毒平均每天都会把海洋中所有细菌的五分之一杀死，可见它们对于海洋生物的新陈代谢有着多么重要的作用。
你想研究一下这些病毒吗？更难!既然绝大多数细菌都没办法人工培养，更别说病毒了。所以说，人类对于这个由微生物组成的微观世界一无所知，甚至连线索都找不到。
大家都知道生物多样性对于保护地球生态环境是非常重要的，但我们的眼光都被那些肉眼可见的动植物所吸引了，完全忘记了地球上最大的生物多样性宝库其实是属于微生物的，而且它们的作用要比动植物大得多。举例来说，海洋吸收了至少一半的大气二氧化碳，这一吸收过程非常复杂，有大量微生物和病毒的参与，但人类对它们的情况了解得极少，因此也就很难预测它们会对气候变化做出怎样的反应。
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幸运的是，随着DNA测序技术的改进，科学家们终于开始进入这个神秘的微观世界了。目前有两种新的技术手段和思路可以用来研究这些无法人工培养的微生物。第一种方法叫做“环境基因组学”(Metagenomics)，其思路和前文提到的佩斯教授的方法类似，就是利用超强的DNA测序能力，把环境样本中的所有相关DNA序列都测出来，然后再利用超强的计算能力对这些序列进行分析，找出所有具备某种功能(比如光合作用)的基因，这样就可以对样本的某种性质(比如光合作用)进行定量研究了。
第二种方法更先进，就是想办法把微生物一个一个单独分离出来，然后对每一个细胞单独进行DNA序列分析。这个方法如果能实现的话，显然效果更好。目前科学家们已经掌握了测量单个细胞DNA序列的方法，我们有理由相信，在不久的将来，人类将会对地球生态系统有个全新的认识。
与此同时，科学家们正在把目光转向人体自身，希望通过这项新技术，揭开隐藏在人体内的秘密。
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众所周知，人身上生活着很多细菌，皮肤表面、呼吸道和肠道内都有。它们大都没有名字，没有户口，没有编制，终日寄生在人体内一些犄角旮旯的地方，靠“偷窃”为生，稍微管理不严就会跑出来惹是生非。
以上就是人们对于人体寄生细菌的传统认识。但是，当科学家们开始认真研究它们时，却发现真实情况要复杂得多。首先，人体寄生细菌的数量之多令人乍舌。据估计，人体内的细菌数量是人体细胞总数的10倍，也就是说，每一个人体细胞都要供养10个细菌!其次，大多数人体寄生细菌都是没办法人工培养的。如前文所述，一种细菌如果没法人工培养，就很难进行研究，这就是为什么人类至今对这个微观世界的情况所知甚少的主要原因。
基因测序技术的进步解决了这个难题。最近，美国华盛顿大学的遗传学家杰弗里·戈登(Jeffrey Gordon)博士和他领导的一个团队利用了这项新技术，对人体肠道细菌的分布和演化进行了研究。
研究人员从南美洲委内瑞拉的一个亚马逊部落，非洲马拉维的一个土著部落，以及美国的几个大城市找到了531名身体健康的志愿者，获得了他们的粪便样本，并用新的基因测序法测量了其中含有的16S RNA的基因序列。测量结果显示，这3个地方的人虽然生活环境极为不同，但环境微生物入侵人体的过程却十分相似。简单来说，新生儿在刚出生的时候肠道内没有细菌，出生后头6个月内有几百种细菌开始在肠道内落户，此后数量不断增加，3岁时肠道菌群的数量和分布模式就和成人相差不大了。
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一个人婴儿期和成人时的肠道菌群种类分布相差很大，但这种变化似乎都是为了满足人体的需要，仿佛细菌们听从了人的指挥。比如，叶酸是一种既可以从食物中来，又可以由肠道细菌合成出来的维生素。婴儿期食物成分单一，只能依靠细菌，因此婴儿肠道内的细菌含有的叶酸合成酶数量较多。而成人的食物来源丰富，不必依靠细菌合成，因此成人肠道内含有更多的专门利用叶酸的细菌，叶酸合成酶的含量反而较低。与此相反，维生素B12只能通过细菌合成，无法从食物中获取，而人体对B12的需求量随着年龄增长而增加，因此肠道中的B12合成酶的数量也随着年龄的增长而增加。
另一个有趣的发现是，美国人的肠道微生物多样性比另外两个国家的人都要低，虽然美国人所吃的食物种类肯定要比后者更多。研究人员猜测，这可能是因为美国人卫生条件较好的缘故，或者是源于抗生素的大量使用。至于说这种多样性的差异到底对健康有何影响，还有待进一步研究。
戈登教授将研究结果写成论文，发表在今年5月9日出版的《自然》(Nature)杂志上。戈登教授表示，这项研究只能算是关于人类肠道菌群基因组分析的初步尝试，但是仅仅从这个初步的研究结果里我们已经得到了很多以前不知道的有趣信息，这说明该领域的前景非常光明。事实上，这项研究属于一个叫做“人类微生物组计划”(Human Microbiome Project)的一部分，该计划由美国国立卫生研究院(NIH)牵头，利用新的基因测序技术把人体寄生细菌全部检测出来。目前该计划已经完成了178个细菌的基因组测序工作，从中找到了超过50万个新的基因。该计划的最终目的是至少测量出900个重要寄生细菌的基因组，彻底揭开隐藏在人体内的这个微观世界的秘密。, http://www.100md.com(袁越)
先来问个问题：大地球上生活着的微生物总数和宇宙中恒星的数量相比，哪个大？答案是：前者的数量大。
再问一个问题：前者到底比后者大多少呢？10倍？100倍？
根据目前的估算，地球上的微生物总数大约是1030，而宇宙中大约有1022个恒星。也就是说，地球上的微生物总数不仅比宇宙中恒星的总数还要多，而且多1亿倍!
微生物的总数比较容易估算，但种类就不那么容易统计了，因为微生物的体积实在太小，分辨起来十分困难。如果把一头大象比作一个细菌，再把体积的差别换算成距离的话，那么微生物学家们就相当于站在月球的位置上回望地球上的这头大象，那时恐怕就连它是公是母都很难辨别。
在这超出人类想象的距离之外进行科学研究，需要超出常规的研究思路与工具。说到工具，很多人肯定会首先想到显微镜，但显微镜只适合观察，如果要进行生化分析的话，琼脂的作用更加重要。如果你去过微生物实验室，你会发现大家最常用的一个实验工具就是培养皿，里面铺着一层富含营养的琼脂。每一个细菌都能在琼脂表面单独长成一个肉眼可见的菌斑，每个菌斑里含有成千上万个完全一样的细菌，这在生物学术语里叫做一个“克隆”。因为琼脂是半固态的，细菌的位置被固定住了，无法在菌斑之间自由往来，这就等于将一个细菌克隆并扩增到足够大的量，却没有遭受其它细菌的污染。只有这样科学家们才能对其进行生化分析，包括测量其DNA的顺序。
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这个研究模式已经持续了几十年。事实上，分子生物学迄今为止所取得的绝大部分成就都来自对于大肠杆菌的研究。可问题在于，自然界还有很多微生物是没法在培养皿中培养的，因此也就没法被克隆。科学家拿不到足够多的克隆细菌，很多生化检测手段都无法应用。
最早意识到这个问题的是美国科罗拉多大学的科学家诺尔曼·佩斯(Norman Pace)，他把从土壤中采集到的样本全部打碎，提取出里面含有的全部DNA，测量16S核糖体RNA的基因序列。这个16S RNA是蛋白质合成过程中必须用到的一种核酸分子，所有细菌里都有它。不同的细菌之间的16S RNA顺序有点不同，因此可以用来鉴定细菌的种类。让佩斯吃惊的是，测序结果表明绝大多数土壤细菌都是以前从来不知道的新品种。他曾经怀疑这是DNA测序技术本身产生的误差，但后来证明不是这样，土壤微生物确实种类繁多，但因为它们大都没法在培养皿中培养，所以科学家们一直没有任何办法去研究它们。
根据最新的估计，自然界所有的微生物当中超过99%都是无法被人工培养的，因此也就暂时没有任何办法加以鉴定。
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说了半天，我们只说到了细菌。其实微生物当中还包括病毒，它们寄生在细菌的身体内，是细菌的寄生虫。研究显示，地球上的病毒总数大约为1031，也就是说每个细菌周围平均有10个病毒伺机入侵。每毫升海水当中最多可以找到5000万个病毒，这些病毒平均每天都会把海洋中所有细菌的五分之一杀死，可见它们对于海洋生物的新陈代谢有着多么重要的作用。
你想研究一下这些病毒吗？更难!既然绝大多数细菌都没办法人工培养，更别说病毒了。所以说，人类对于这个由微生物组成的微观世界一无所知，甚至连线索都找不到。
大家都知道生物多样性对于保护地球生态环境是非常重要的，但我们的眼光都被那些肉眼可见的动植物所吸引了，完全忘记了地球上最大的生物多样性宝库其实是属于微生物的，而且它们的作用要比动植物大得多。举例来说，海洋吸收了至少一半的大气二氧化碳，这一吸收过程非常复杂，有大量微生物和病毒的参与，但人类对它们的情况了解得极少，因此也就很难预测它们会对气候变化做出怎样的反应。
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幸运的是，随着DNA测序技术的改进，科学家们终于开始进入这个神秘的微观世界了。目前有两种新的技术手段和思路可以用来研究这些无法人工培养的微生物。第一种方法叫做“环境基因组学”(Metagenomics)，其思路和前文提到的佩斯教授的方法类似，就是利用超强的DNA测序能力，把环境样本中的所有相关DNA序列都测出来，然后再利用超强的计算能力对这些序列进行分析，找出所有具备某种功能(比如光合作用)的基因，这样就可以对样本的某种性质(比如光合作用)进行定量研究了。
第二种方法更先进，就是想办法把微生物一个一个单独分离出来，然后对每一个细胞单独进行DNA序列分析。这个方法如果能实现的话，显然效果更好。目前科学家们已经掌握了测量单个细胞DNA序列的方法，我们有理由相信，在不久的将来，人类将会对地球生态系统有个全新的认识。
与此同时，科学家们正在把目光转向人体自身，希望通过这项新技术，揭开隐藏在人体内的秘密。
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众所周知，人身上生活着很多细菌，皮肤表面、呼吸道和肠道内都有。它们大都没有名字，没有户口，没有编制，终日寄生在人体内一些犄角旮旯的地方，靠“偷窃”为生，稍微管理不严就会跑出来惹是生非。
以上就是人们对于人体寄生细菌的传统认识。但是，当科学家们开始认真研究它们时，却发现真实情况要复杂得多。首先，人体寄生细菌的数量之多令人乍舌。据估计，人体内的细菌数量是人体细胞总数的10倍，也就是说，每一个人体细胞都要供养10个细菌!其次，大多数人体寄生细菌都是没办法人工培养的。如前文所述，一种细菌如果没法人工培养，就很难进行研究，这就是为什么人类至今对这个微观世界的情况所知甚少的主要原因。
基因测序技术的进步解决了这个难题。最近，美国华盛顿大学的遗传学家杰弗里·戈登(Jeffrey Gordon)博士和他领导的一个团队利用了这项新技术，对人体肠道细菌的分布和演化进行了研究。
研究人员从南美洲委内瑞拉的一个亚马逊部落，非洲马拉维的一个土著部落，以及美国的几个大城市找到了531名身体健康的志愿者，获得了他们的粪便样本，并用新的基因测序法测量了其中含有的16S RNA的基因序列。测量结果显示，这3个地方的人虽然生活环境极为不同，但环境微生物入侵人体的过程却十分相似。简单来说，新生儿在刚出生的时候肠道内没有细菌，出生后头6个月内有几百种细菌开始在肠道内落户，此后数量不断增加，3岁时肠道菌群的数量和分布模式就和成人相差不大了。
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一个人婴儿期和成人时的肠道菌群种类分布相差很大，但这种变化似乎都是为了满足人体的需要，仿佛细菌们听从了人的指挥。比如，叶酸是一种既可以从食物中来，又可以由肠道细菌合成出来的维生素。婴儿期食物成分单一，只能依靠细菌，因此婴儿肠道内的细菌含有的叶酸合成酶数量较多。而成人的食物来源丰富，不必依靠细菌合成，因此成人肠道内含有更多的专门利用叶酸的细菌，叶酸合成酶的含量反而较低。与此相反，维生素B12只能通过细菌合成，无法从食物中获取，而人体对B12的需求量随着年龄增长而增加，因此肠道中的B12合成酶的数量也随着年龄的增长而增加。
另一个有趣的发现是，美国人的肠道微生物多样性比另外两个国家的人都要低，虽然美国人所吃的食物种类肯定要比后者更多。研究人员猜测，这可能是因为美国人卫生条件较好的缘故，或者是源于抗生素的大量使用。至于说这种多样性的差异到底对健康有何影响，还有待进一步研究。
戈登教授将研究结果写成论文，发表在今年5月9日出版的《自然》(Nature)杂志上。戈登教授表示，这项研究只能算是关于人类肠道菌群基因组分析的初步尝试，但是仅仅从这个初步的研究结果里我们已经得到了很多以前不知道的有趣信息，这说明该领域的前景非常光明。事实上，这项研究属于一个叫做“人类微生物组计划”(Human Microbiome Project)的一部分，该计划由美国国立卫生研究院(NIH)牵头，利用新的基因测序技术把人体寄生细菌全部检测出来。目前该计划已经完成了178个细菌的基因组测序工作，从中找到了超过50万个新的基因。该计划的最终目的是至少测量出900个重要寄生细菌的基因组，彻底揭开隐藏在人体内的这个微观世界的秘密。, http://www.100md.com(袁越)