刘静 鲁明 李春惠 刘志红

    2型糖尿病(type 2 diabetes,T2DM)以慢性高血糖为特征，目前已发展成为一种主要的健康问题，导致全世界超过3亿人早期发病和死亡[1]。骨骼肌是胰岛素发挥葡萄糖摄取的重要部位，骨骼肌对胰岛素的反应减弱，是T2DM的重要特征[2]。因此，鉴别T2DM患者和健康对照者骨骼肌组织中表达差异的基因可以为T2DM的发病机制提供必要信息[3]。近年来，越来越多的基因表达谱数据可以从公共数据库里得到[4,5]。本研究通过应用生物信息学手段，从基因表达数据库 (gene expression omnibus，GEO)中寻找到关于2型糖尿病骨骼肌的基因芯片数据集，分析与T2DM相关的差异表达基因(differentially expressed genes，DEGs)及其通路，探索疾病新的治疗靶点。

    1 材料与方法

    1.1 数据来源 通过检索词“type 2 diabetes”和“skeletal muscle”在 GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 中下载数据集 GSE29221，该芯片数据由Jain等[6]于 2011年5月提交，以GPL6947 Illumina HumanHT-12 V3.0 expression beadchip为研究平台，分析12例2型糖尿病(GSM722680-GSM722691)及12例正常(GSM722668-GSM722679) 骨骼肌组织的基因表达矩阵。

    1.2 差异基因筛选与可视化 利用 GEO2R在线分析工具对 GSE29221数据集样本进行分组并筛选出DEGs ......