鉴定并验证KIF20B对高级别浆液性卵巢癌的影响
差异基因,靶标,1材料与方法,2结果,3讨论
赵静 王雅卓 王润芳 李娜 褚兆苹 韩华 赵源 王蓓 田菲 张媛 张蕴霞上皮性卵巢癌(EOC)是恶性程度最高的妇科肿瘤之一[1]。大多数患者早期无明显不适,诊断时已为晚期[2],这在很大程度上解释了这种恶性肿瘤预后差的原因。上皮性卵巢癌是一种包含多种组织学亚型的异质性疾病[2],但其癌变机制尚未完全阐明。根据二元癌变模型理论,卵巢癌包括Ⅰ型和 Ⅱ型两类[3]。Ⅰ型肿瘤通常是惰性的,以信号通路相关基因(KRAS、BRAF、PIK3CA、CTNNB1、ARID1A、PPP2R1A和PTEN)突变为特征,包括低级别浆液性、黏液性、子宫内膜样癌和透明细胞癌及Brenner瘤等[3]。与Ⅰ型肿瘤相比,Ⅱ型肿瘤侵袭性强,基因稳定性差,常含有p53和BRCA1/2突变,包括高级别浆液性癌、子宫内膜样癌和未分化癌等[3,4]。其中致死率最高的高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)[5,6]患者虽然对标准治疗(包括减瘤手术和基于铂的化疗)反应良好,但他们之中很多人术后不久却因为耐药大大降低了生存率[7]。在过去的十年中,通过标准疗法治疗的患者的生存率也仅有微小的改善,因此阐明其分子机制和发现新的分子生物标志物对于HGSOC具有非常重要的意义[8]。庆幸的是,生物信息学技术的大力发展使得我们可以利用大数据筛选目标基因并对其进行探究分析,也为后续的基础研究及临床实践提供了重要的理论依据。在我们的研究中,首先使用R语言分析了来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库中的3个表达谱芯片数据集,以确定HGSOC与正常人类卵巢表面上皮样本(HOSE)之间的差异基因。并通过GO[9]、KEGG[10]通路富集分析和PPI网络分析,揭示了HGSOC可能相关的分子机制,并挖掘出176个差异基因(DEGs),在这176个差异基因中我们使用MCODE插件鉴定出22个核心基因,在这22个核心基因中我们发现KIF20B在HGSOC中显著高表达,为了鉴定并验证KIF20B作为卵巢癌生物标志物的可行性及对卵巢癌的影响,我们随机对其进行了生存曲线分析,ROC曲线分析及其与免疫浸润的相关性分析 ......
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