陈利军 张天明 第伍丹琲 刘蓓莉 王虹

    据报道,肺癌的发病率和死亡率非常高[1]。非小细胞肺癌是肺癌中最常见的病理类型,约占肺癌的85%～90%[2]。肺鳞状细胞癌(lung squamous cell carcinoma,LUSC)是非小细胞肺癌中第二大病理亚型,约占非小细胞肺癌的20%～30%[3]。晚期LUSC患者的5年生存率不到5%,因此早期诊断和预后的有效及特异性生物标志物对LUSC的临床治疗非常重要[4]。miRNA是一类内源性非编码单链小分子RNA,长度约为21～25个核苷酸[5]。miRNA主要通过与mRNA的3’UTR结合直接降解mRNA或抑制其蛋白翻译负向调控靶基因表达[6]。miRNA可参与多种生物学过程的调控,如增殖、凋亡、细胞周期及DNA修复等。研究表明,miRNA的异常表达可能与非小细胞肺癌的发生发展密切相关[7]。因此,本研究旨在利用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义。

    1 材料与方法

    1.1 miRNA芯片数据来源 芯片数据通过美国国家生物信息中心(national center for biotechnology information,NCBI)GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)获得,筛选到GSE17681数据集进行后续分析,该数据集包含36个样本,其中肺癌样本17例,对照样本19例,芯片平台是GPL9040 (febit Homo Sapiens miRBase 13.0),种属为Homo sapiens。

    1.2 差异miRNA筛选 利用GEO2R(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geO2r/acc=GSE17681)在线分析工具对GSE17681数据集中肺癌样本和对照样本的miRNA表达进行差异分析,利用SangerBox软件绘制火山图,对原始数据进行去重等处理后,按照|logFC|>2,P<0.05的条件筛选出差异miRNAs ......