锁核酸在抗病毒基因诊断与治疗中的应用新进展(2)
2.3HIV检测 精确检测血液中HIV DNA和RNA,無论诊断是否HIV感染,还是评估HIV病人治疗后病毒载量、病毒复制的治疗效果都起到重要作用。但在广泛使用抗病毒治疗的环境下,HIV-1由于基因变异产生了药物抵抗,但其机制非常复杂.当产生药物抵抗时需要改变治疗方案。HIV的单核苷酸基因多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)给各种传统的检测方法检测提出了难题,一方面HIV-1 M组HIV-1亚型遗传多样性,无法与多种变异型特异性结合,目前大多数的荧光定量PCR只适合定量HIV-1 B亚型;另一方面为使探针退火温度达到最佳,传统的Taqman探针包括25至35个核苷酸。由于HIV-1自然的异质性,很难在200个碱基对中找到三个保守区(两个为引物一个为内部探针同源序列)包括所有或大部分HIV-1 M组亚型,这造成了检测时灵敏性降低。因此需要一种灵敏、高效的实验方法监测HIV-1型的治疗。许多学者在各种方法的基础上用LNA修饰改良而使检测的敏感性和特异性上升。因为构建的LNA Taqman探针比普通的Taqman探针更短,与HIV-1亚型保守序列杂交的靶标也相应变短.可以有效克服传统探针的局限性,应用于HIV-1分型中有更宽的检测范围、更灵敏检测下限,可广泛适用于HIV-1的分型。在阳性干血斑(dfled blood spots,DBS)中,HIV-1 DNA检测灵敏度也达到了100%,结果与血浆的HIV RNA水平显著相关(r=0.765,P<0.0001)。Irina Kira Astakhova等设计荧光寡核苷酸探针标记新型(苯乙炔基)芘染料并附着于LNA,能有效检测接受抗HIV治疗病人的200例临床样本野生型核苷酸中的SNP,这种双探针和双标记探针对目标DNA/RNA单碱基错配具有高杂交亲和力和出色的荧光反应。T.santhosh Kumar团队设计了以芘-茈FReT附着于短LNA/DNA探针为基础的单链DNA和RNA ......
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