GEO芯片筛选非小细胞肺癌差异表达基因及与预后的关系(2)
2.2 表达差异验证待筛选出关键基因后,我们利用UALCAN在TCGA数据库中再次进行验证。最终,RTKN2 基因、SPOCK2 基因、RASIP1 基因和ADCY4基因在肺鳞癌、肺腺癌中同对照组相比均存在表达差异(P<0.05)。见图2。
2.3 候选基因与非小细胞肺癌预后关系
在Kaplan-Meier Plotter数据库,通过生物信息学分析发现在4个关键基因中,RTKN2基因、SPOCK2基因和RASIP1基因与非小细胞肺癌预后无关(P>0.05),ADCY4基因与非小细胞肺癌预后呈正相关(P<0.01)。见图3。
3 讨 论
GEO数据库属于美国国立卫生研究院的生物技术信息中心,是当前最大、最全面的一个公共基因表达数据库,这为肿瘤的分子水平研究提供了新的平台。本研究基于GEO中的非小细胞肺癌基因表达芯片数据,采用生物信息学进行非小细胞肺癌相关基因筛选。共获得7个差异表达基因 ......
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