陈佳音 钟斌 贾芸菁 李莎莎 陈依烛 李晨羽 凌雁武

    【摘要】 目的 利用生物信息學筛选阿尔茨海默病(Alzheimers disease，AD)海马组织的差异表达基因(DEGs)，分析DEGs的生物学功能和信号通路，为AD的诊断、治疗靶点的筛选提供参考。方法 利用GEO(gene expression omnibus)数据库下载基因芯片GSE48350、GSE5281，使用数据库GEO2R工具在线分析，以P1|为条件筛选差异基因，筛选出与AD海马组织相关的DEGs，通过制作维恩图取交集获得两个芯片共同DEGs；使用R语言enrichGO函数对筛选出来的DEGs进行基因本体论(GO)功能富集分析；在Metascape网站做京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析；使用STRING数据库和Cytoscape3.9.1软件进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络分析。把筛选出来的共同DEGs作为关键基因，通过Cytoscape3.9.1软件中插件Mcode和CytoHubba分析后，按照节点度值大小排序，将前四个基因视为核心基因。最后，通过TargetScan与miRanda数据库评估核心基因相关的miRNA，并选用基因芯片GSE129053进行验证，构建核心基因的miRNA-mRNA调控网络。结果 两个基因芯片共有67个DEGs，其中上调基因36个，下调基因31个。GO分析结果显示，主要富集在生物过程中为突触囊泡介导的运输、神经元突触囊泡循环、网格蛋白介导的突触囊泡内吞机制等；在细胞定位中主要的过程有胞外囊泡、突触小泡等；分子功能主要过程有网格蛋白结合、葡萄糖的跨膜转运活性等。KEGG通路富集分析结果显示，DEGs富集在甲状腺激素信号通路(hsa04919)；DEGs编码蛋白的PPI网络含节点10个；运用Cytoscape中CytoHubba插件和Mcode插件 ......