周海东,周俊秀,罗昌泰,韦积华,谢康麒,罗富强,李载永,王玮,罗东,陈禄昌,余电柏,麻华德,李山郎

    (1.右江民族医学院附属医院运动医学科,广西百色 533000;2.右江民族医学院研究生学院,广西百色 533000;3.广西百色市妇幼保健院内外综合科,广西百色 533000)

    骨关节炎(osteoarthritis,OA)是一种由肥胖、衰老、损伤、遗传等因素引起的退行性疾病,多见于老年人。据研究报告[1],OA是全球范围内最常见的骨关节疾病,超过7%的人患有OA相关疾病;我国每年治疗OA的费用已超国内生产总值的1%[2]。OA是最常见的与年龄相关的退行性疾病之一,其特征是骨赘形成、软骨退化和滑膜炎症。软骨细胞被认为是OA发病机制的重要细胞介质,它可以响应由机械损伤、过载或炎症引起的环境变化而进行的表型调节[3]。在机体内环境稳态下,软骨细胞的凋亡和再生处于动态平衡,当软骨细胞过度凋亡,稳态被破坏,软骨损伤加剧,这将加速骨关节炎的进展;此过程与Caspase、Bcl-2蛋白家族、MAPK、PI3K/AKT、Wnt/β-catenin、Fas/FasL、NF-κB及JAK/STAT等信号传导通路相关[4],但相关分子机制及生物过程至今未明。因此,本研究基于GEO公共数据库进行数据检索,选择GSE57218数据集作为分析对象,通过筛选差异表达基因→GO和KEGG富集分析→构建蛋白互作网络图(protein-protein interaction,PPI)网络→筛选出Hub基因,深入了解关键差异表达基因的生物学功能,以期筛选出OA软骨退行性变的关键分子。

    1 材料与方法

    1.1 一般资料本研究基于GEO公共数据库进行数据检索,该数据库于2012年由BENISCH等[5]首次提出,选择GSE57218数据集作为分析对象,数据集平台号为GPL570。该数据包含40例样本,其中7例为健康成人关节软骨组织,33例为晚期OA所致的关节软骨。

    1.2 差异基因的表达分析本研究使用R语言limma包对晚期OA关节软骨mRNA芯片数据进行差异表达分析,设置检验统计P1为筛选条件,筛选OA晚期关节软骨与正常组织的差异表达mRNA(differentially expressed mRNAs,DEmRNAs)。

    1.3 GO功能和KEGG信号通路富集分析本研究基于R语言clusterProfiler包对DEmRNAs进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析 ......