COL1A2在头颈部鳞癌中的差异表达及功能分析
基因表达,生物信息学



【摘要】 目的采用生物信息学方法探讨COL1A2在头颈部鳞癌(HNSC)中的表达及相关功能。 方法利用TIMER2.0数据库分析COL1A2基因在泛癌中的表达;通过GEPIA数据库、UALCAN数据库分析该基因在HNSC与正常组织中的差异表达情况;并利用STRING数据库构建COL1A2基因蛋白互作网,DAVID数据库分析与该基因互作蛋白基因的相关功能;最后通过GCBI基因雷达数据库预测该基因可能参与的调控网络和转录因子。 结果COL1A2在多种肿瘤中高表达,且在头颈部鳞癌组织与正常组织中有差异表达。COL1A2及相关蛋白基因功能富集分析发现其参与了4个细胞组分、5个分子功能、11个生物学程序、7条信号通路,在基因调控网及转录因子预测发现,COL1A2与多种蛋白、转录因子、lncRNA、micRNA等相互调控。 结论COL1A2与HNSC的发生、发展可能是通过PI3K-Akt信号通路等多种途径、多种蛋白、转录因子共同调控的结果。
【关键词】COL1A2;生物信息学;头颈部鳞癌;基因表达
中图分类号: R739.91文献标志码: ADOI: 10.3969/j.issn.1003-1383.2024.02.004
Differential expression and functional prediction of COL1A2 in head and neck squamous cell carcinoma
LI Yuyinga, LIU Jielana, HOU Yuanlina, LU Shilia, HU Tingb, WU Binb, TANG Yuliana
【Abstract】 ObjectiveTo investigate the expression and related functions of COL1A2 in head and neck squamous cell carcinoma (HNSC). MethodsThe expression of COL1A2 gene in generalized carcinoma was analyzed by using TIMER2.0 database. GEPIA database and UALCAN database were used to analyze the differential expression of this gene in HNSC and normal tissues. The protein interaction network of the COL1A2 gene was constructed by the STRING database ......
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