应用生物信息学方法结合细胞实验探究Plakophilin-1(PKP1)在皮肤黑色素瘤中的生物学作用
靶向治疗,细胞增殖,2结果,3讨论,参考文献
张崇海 秦倩

【摘 要】目的 探索PKP1在皮肤黑色素瘤(skin cutaneous melanoma,SKCM)中相关生物学功能。方法 通过实时TIME 2.0数据库分析PKP1在不同的腫瘤以及正常组织中的相对表达量;通过GEPIA以及UALCAN数据库分析PKP1在皮肤黑色素瘤组织以及正常组织的表达量以及探究PKP1的表达水平和肿瘤病人预后的关系;在SK-MEL-1细胞系中,过表达PKP1探究对于肿瘤细胞的影响。结果 TIME 2.0分析显示,多种肿瘤组织中PKP1表达水平低于正常组织(P 1 材料与方法
1.1 不同肿瘤中PKP1表达水平的探究 利用TIMER 2.0数据库在不同的肿瘤组织和正常组织中PKP1的表达水平进行了分析,旨在初步探究PKP1在不同癌种中的表达情况。
1.2 方法
1.2.1皮肤黑色素瘤组织和正常组织中的PKP1的表达差异 首先利用GEPIA数据库(数据源于TCGA和GTEx数据库),单独探究PKP1在皮肤黑色素瘤和正常组织中的表达水平是否具有差异,其中分析时参数|Log2FC|Cutoff值为1,p-value Cutoff值小于0.01;为了更全面探究PKP1在组织中的表达情况,利用UALCAN数据库(多用于探究目标基因以及确定肿瘤亚群特异性候选生物标志物) ......
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