这个时候的吐蕃，正忙着在布达拉宫稳定宗教控制，而且，天才的格萨尔王也出现了。吐蕃开始走向内部整合与对外轻度扩张的道路。这时候的吐蕃，才逃离痛苦，而与中原的交流也大大增加了。

    1206年，蒙古族杰出领袖铁木真建立蒙古汗国，被尊奉为成吉思汗(拥有四海的君主)。铁木真死后，蒙哥也在南下攻宋过程中丧生。忽必烈与阿里不哥争夺汗位成功，但是四大汗国纷纷宣布脱离元帝国管理。主要因为忽必烈“行汉人法度”。元朝便只控制中原以及西藏、东北等地区了。不过忽必烈一直期待蒙古人有自己的文字。便找来吐蕃人八思巴帮忙创制。八思巴在藏语41个字母基础上，创制蒙古文，至元六年成功。

    这位八思巴何许人也?乃是藏传佛教喇萨迦派第五代祖师。在他的努力下，忽必烈受戒，并且尊八思巴为国师。故此元大都(今北京)经常能有喇嘛出现。

    元朝设置宣政院管理西藏地区军政要务。这是西藏正式纳入我国版图的开始。元朝还在西藏直接建立地方军政机构，名为“宣慰使司都元帅府”，隶属于宣政院，并驻有军队，进行人口调查，派遣徭役，征收赋税。

    明代称西藏为“乌斯藏”。洪武时，明朝在西藏设立两个都指挥使司，即乌斯藏都指挥使司及朵甘卫都指挥使司，永乐时，明朝还修了从雅州(今四川雅安)到乌斯藏的驿道，设置了驿站，大为便利了西藏与内地的交通。西藏盛行喇嘛教，喇嘛教分为许多派别，其中主要是红教和黄教。红教最先兴起，在元代势力很盛 ......