基于生物信息学与相关实验探究ACLY与食管癌的关系
细胞周期,数据库,1资料与方法,1资料来源,2细胞系及培养,3细胞转染,4实时荧光定量RT-PCR检测mRNA表达,5Western印迹检测蛋白表达,6CCK-8法检测细胞的增殖活力,7平板克隆实验,8EdU
王 萌,张阳阳,刘 静武汉大学中南医院消化内科(武汉 430071)
食管癌作为世界范围内发病率第七和致死率第六的癌症,是威胁人类健康的主要疾病之一,尤其在弱势人群中,食管癌危害性相对更高[1]。全球疾病负担研究(GBD)数据发现,全球因食管癌死亡的人数从1990年的319 332人增至2019年的498 067人,相对增幅达55.97%[2]。根据全球癌症观察2020年线上平台(GLOBOCAN 2020)数据,全球食管癌病例数攀升至60.41万,占所有癌症的3.1%,2020年每18例由于癌症死亡的病例中就有1例与食管癌相关[3]。有数据显示,50%以上的食管癌发病患者位于中国,国内食管癌的组织学亚型中,鳞状细胞癌占比90%以上[4]。因此,深入研究食管癌的发病机制并寻找相关肿瘤标志物显得尤为重要。
ATP-柠檬酸裂解酶(ATP citrate lyase,ACLY)是脂肪酸生物合成中的关键酶,负责将柠檬酸以及辅酶A催化为乙酰辅酶A及草酰乙酸[5]。ACLY主要分布于细胞质基质以及细胞核中[6],其异常增多与多种恶性肿瘤有关,比如乳腺癌、前列腺癌、肝癌、宫颈癌、骨肉瘤和肺癌[6-8],此外,ACLY在肺腺癌以及急性髓系白血病中提示了不良的预后[9-10]。目前,ACLY在食管癌中发挥的作用尚未有研究。本研究利用TCGA、UALCAN等数据库,同时采用生物信息学技术以及CCK8细胞增殖、平板克隆等体外细胞实验,对食管癌组织中ACLY分子的功能进行分析,以期为食管癌的发病机制及预后提供科学依据。
1 资料与方法
1.1 资料来源
在线数据来源于癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库(https://portal.gdc.cancer.gov/)、癌症数据在线分析(UALCAN)数据库(http://ualcan.path.uab.edu)、基因表达谱数据动态分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库(http://gepia.cancerpku.cn/)。
1.2 细胞系及培养
食管癌细胞系EC109购自中国科学院上海生物科学研究所细胞库(目录号:1101HUM-PUMC 000246)。用含10%胎牛血清(FBS)(Gibco,美国)的RPMI-1640培养基(Servicebio,中国)培养,置于37℃,5% CO2恒温培养箱中 ......
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