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编号:1627258
基于生物信息学筛选和分析小儿溃疡性结肠炎的潜在生物标志物
http://www.100md.com 2024年3月13日 医学新知 2024年第2期
关键,受体,1资料和方法,1微阵列数据的预处理,2DEGs获取和筛选,3DEGs的GO和KEGG富集度分析,4蛋白质互作网络的构建和关键子网络的选择,5关键基因的选择和分析,2结果,1差异表达基因,2G
     邹秋凤,邹佳英,李丽娟,方小玲,黄文娟

    中国人民解放军联勤保障部队第九二四医院新生儿科(广西桂林 541000)

    溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)是一种病因复杂的慢性非特异性肠道炎性疾病,主要累及结肠和直肠[1]。根据既往流行病学研究报道,UC 的发病率为1~32/10 万人年[2]。约20%的UC患者确诊时<18 岁,小儿UC 的诊断年龄中位数为10~14 岁[3]。与成人UC 相比,小儿UC 的特点是结肠受累更广泛,疾病更具侵略性[4]。60%~80%的患儿表现为大范围溃疡,10 年的手术切除率高达30%~40%[5-6]。近年来,病因不明的小儿UC 发病率呈快速上升趋势[7]。肠道炎症和黏膜损伤是UC 的主要形式。正常情况下,黏液层、肠道上皮和肠道免疫系统共同构成肠道物理屏障,避免了肠道细菌和抗原不适当的免疫激活[8]。在UC 状态下,炎症和免疫细胞富集在肠道黏膜,肠道通透性发生了变化。基于微阵列和高通量PCR 技术,UC 和正常组织的mRNA 表达谱被确定。目前,全基因组关联研究已确定了UC 的23 个易感基因[9],然而,小儿UC 相关的生物信息学研究有限。本研究基于基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus, GEO),采用生物信息学技术探讨小儿UC 相关差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的生物学功能,为小儿UC 的机制研究和诊治提供科学依据。

    1 资料和方法

    1.1 微阵列数据的预处理

    从GEO 数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)下载UC 数据集GSE126124 的基因表达谱(Affymetrix GPL6244平台,Affymetrix Human Gene 1.0 ST Array)。根据平台注释信息文件,将数据集的所有探针ID 转换为相应的基因符号。GSE126124数据集包含两组样本,其中18 个样本来自儿童UC活检组织,作为实验组;19 个样本来自非炎症性肠病儿童的肠道活检组织,作为对照组。

    1.2 DEGs获取和筛选

    实验组和对照组之间的初步DEGs 均通过GEO2R(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/geo2r)分析获得 ......

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