巢元方还在《诸病源候论》中记载了开放性创伤和开放性骨折感染的病因，以及肠吻合、异物清除、骨折固定、分层缝合等手术，其中，对肠吻合术、人工流产、拔牙等手术的具体记载，是世界外科史上的首创。

    在病机方面，巢元方对很多疾病都有详细观察和论述，例如，对“麻风病”的病情发展和症状变化做了详细叙述：“凡癞病，皆是恶风及犯触忌害得之。初觉皮肤不仁，或淫淫苦痒如虫行，或眼前见物如垂丝，或隐疹辄赤黑，此皆为疾。……久而不治，令人顽痹；或汗不流泄，手足酸疼，针灸不痛；或在面目，习习奕奕；或在胸颈，状如虫行；身体遍痒，搔之生疮；或身面肿，方彻骨髓；或顽如钱大，状如蚝毒；或如梳，或如手，锥刺不痛；……其间变化多端。……眉睫堕落。……鼻柱崩倒，……肢节堕落。”[11]这里，巢元方将麻风病初、中、后期的各种症状生动形象地记载下来 ......