3.2.2 siRNA的设计

    不同的siRNA序列沉默基因的效率差别很大，因此，siRNA的合理设计是RNAi实验成功的关键。2002年，Elbashir等提出了选择siRNA建议：(1) 为了避免5’或3’端的UTRs的蛋白结合位点，从起始密码下游50～100nt开始搜索siRNA；(2)搜索5’AA(N19)UU序列，如果没有相应序列，可以选择5’AA(N21)或5’NA(N21)；(3) G/C含量在32%～79%之间；(4) 利用Blast软件在数据库中进行比对，确定siRNA对靶基因的特异性；(5) 设置对照siRNA，即在基因组中无对应序列的siRNA。

    近年来，结合生物信息学手段，通过分析大量的已经发表的高效siRNA序列得出序列规律，或者依据其能量大小来设计siRNA序列。目前已有许多根据这些原则编写的siRNA设计软件。此外，Marina等研究粗糙脉胞菌发现，若siRNA中含有内元，则引发的沉默效应的频率更高，而且含有能剪切的内元引发的沉默效应的频率高于不能剪切的内元[5]。

    3.2.3 靶序列的结构

    除了siRNA以外，mRNA上靶序列的结构对于沉默的效率也具有重要影响。Luo和Chang通过研究三个基因(Bcl-2 ......