半夏白术天麻汤对癫痫大鼠海马miRNA—146a—5p表达的影响及生物信息学分析(3)
组织总RNA提取与质量检测及反转录合成模板cDNA:取适量各样本组织,分别取1 μL各组织RNA 样品用核酸定量分析仪测定其OD260/OD280均在1.8~2.0,经总RNA琼脂糖凝胶电泳检测,提取的RNA符合纯度要求,可用于后续PCR。按反转录试剂盒要求操作,所得单链cDNA置于-20 ℃冰箱保存备用。 实时荧光定量PCR以U6作为内参基因,miRNA-146a-5p引物序列为:5'-TGAGAACTGAATT CCATGGGTT-3',通过融解曲线分析,为单一峰,说明PCR扩增特异性较好,样本3次重复实验数据的重复性较好,得到各扩增反应的Ct值。连续检测荧光并记录扩增曲线,采用样点拟合法分析结果得到目的基因和U6的Ct值,用相对定量2-ΔΔCt法对待测miRNA进行分析。1.8 生物信息学分析
采用miRDB对miRNA-146a-5p靶基因进行预测。并运用miRTarBase(该数据库收录了文献报道的、有实验证据的microRNA与靶基因关系)对结果进行分析。用DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)在线工具进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析 ......
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