迟卉 李燕 马翠翠 郭瑞芳 王佳林

    1 共生功能体(holobionts)及其基因组的研究进展

    1.1 共生功能体及其基因组的定义 微生物在与宿主共同进化过程中保留了有利存活的特征，并和宿主形成了一个整体，这个整体的概念定义为共生功能体，即宿主与其相关菌群组成的生物单位，其基因组被称为共生基因组(hologenome)[1]。微生物与宿主之间的关系受到越来越多的重视，相关科研学者开始从整体角度考虑微生物群- 宿主关联，并提出共生系(phylosybiosis)研究方法，即微生物群落关系与宿主系统发育平行变化研究[2]。共生基因组由两个互补部分组成：宿主和微生物组基因组，无论哪一部分出现变化，都会引起整体变异。在人体大约20 000万个基因中有3 300万个属于微生物组，宿主基因组是高度保守的，其遗传变化发生缓慢，而微生物基因组是动态的，可以通过增加或减少特定微生物，获取新的微生物，水平基因转移和垂直基因遗传，也可以发生突变。研究人员认为这种快速变化可以使微生物基因组在不断改变的环境条件下适应和生存，从而为宿主基因组的适应和进化提供必要的时间[3]。共生基因组的变化促进了共生功能体对环境的适应性，共生功能体被认为是一种进化的选择单位，通过共生基因组实现世代间传递。

    1.2 共生功能体及其基因组的研究进展 研究认为，正常情况下，微生物与宿主之间存在平衡状态即稳态，这种稳态的存在起到维持健康的作用。有研究表明，外界菌群侵入、炎症等可以推动宿主和微生物的稳态失衡，即出现疾病或疾病前状态，至于这种稳态的改变与疾病的先后关系目前还无法完全清楚[4]。人体免疫系统也与微生物群共同进化，微生物群提供驱动发育的重要信号，适应性免疫系统的主要作用除了阻击破坏原有生态系统的病原体之外，还包括维护共生微生物群的稳定。有学者认为以共生功能体为出发点，综合各种方法去研究微生物群和宿主之间的互作机制，是当前解决宿主和微生物关系以及研究和预防疾病的有效手段[5]。

    2 胃微生态共生关系研究进展

    2.1 胃内微生物的概念 胃内微生物主要指胃部细菌菌群，由于胃部快速蠕动、胃酸分泌、小肠返流等原因，大部分胃部细菌是过路菌。以前认为可以定植于胃内的细菌只有H.pylori，但是近年来研究发现还有其他很多细菌同样可以定植[6]。目前研究估计，胃内的微生物密度为102～104 CFU/mL ......