对离子源，在不同的分析条件下需要进行不同的选择。比如，有的研究为了提高分析灵敏度进行了衍生化反应，而衍生化产物在正离子ESI下具有很好的质谱响应，故凡涉及到衍生化处理的分析方法均采用了正离子ESI进行质谱检测。在没有采用衍生化的分析方法(12项研究)中，有的采用ESI模式(6项研究)，有的选择了APCI模式(4项研究)或APPI模式(2项研究)。总的来说，ESI和APCI(或APPI)两种模式下的分析灵敏度似乎差别不大。但需注意的是，APPI下的分析灵敏度要显著高于APCI下的灵敏度[21, 22]。因此，如要建立一个不需衍生化的简单的分析方法，建议选择APPI源进行检测。

    在不同类型的检测模式下(ESI或APCI)，所选择的流动相中的电解质种类也不同。在ESI模式下，为了让分析物形成[M+H]+或[M+CH3NH3]+，一般在流动相中加入0.1%的甲酸或5 mM的甲胺；而在APCI或APPI模式下，一般不在流动相中添加任何电解质，但有两项研究分别在流动相中添加了甲酸(10 mM)和甲苯(1%)[22, 23]。需指出的是，使用甲苯作为流动相添加剂的研究使用了APPI电离模式，该研究发现在流动相中添加甲苯能显著提高分析的灵敏度 ......