肠道菌群是人体最重要、最复杂的微生态系统，主要由厌氧菌、需氧菌和兼性厌氧菌组成，其中专性厌氧菌占99%以上，主要包括双歧杆菌和类杆菌，可以占到细菌总数的90%[6]。肠道微生物宏基因组测序证实，在基因水平上，肠道微生物基因数是人类的150倍，其中99%来自细菌，共发现约1 000种常见菌群，大约有160种优势菌群[7]。各菌群在不同胃肠道位置的分布不尽相同。正常情况下，由于小肠近端接受胃液中胃酸的冲刷及小肠的蠕动，其细菌的种类及数量极少，主要为需氧菌，而回盲部主要为革兰阴性厌氧菌，近端细菌数可高达109 cfu/ml[8]。膽总管下端开口于十二指肠大乳头，当患者发生梗阻性黄疸时，胆总管扩张，肝胰壶腹括约肌功能受损，小肠细菌逆行进入胆总管定植和繁殖，引起胆总管内肠道菌群紊乱[9]。

    一项对梗阻性黄疸患者行ERCP术后胆汁细菌培养研究发现，胆汁细菌培养阳性率为93%，主要为大肠埃希菌(26.8%)、肠球菌(17%)、克雷伯菌属(14.6%)、肠杆菌属(14.6%)、铜绿假单胞菌(9.7%) ......