王万鹏，张启迪，傅承宏，陈皓瑜，周素芹，刘艳艳，何中祥，宋 坚，濮 娟

    (1.南京医科大学康达学院附属涟水人民医院放疗科，江苏 淮安 223400；2.南京医科大学康达学院附属涟水人民医院中心实验室，江苏 淮安 223400；3.上海交通大学医学院附属上海市第一人民医院消化科，上海 200080)

    食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma，ESCC)占食管癌中的约90%，是起源于食管鳞状上皮系统的恶性肿瘤，其发病是多阶段、多基因、多步骤的联合作用导致[1]。随着肿瘤大数据的普及，网络公共平台也提供了大量的肿瘤组学数据，为研究肿瘤的生物学本质提供了极大的便利。但单个研究样本量较小，且各研究间存在批次、标本获取方法、实验目的或实验条件的不同，结果差异较大。虽然不同的数据整合方法也相继出现，但由于每种方法都有各自的不足，限制了其广泛应用[2]。本研究采用秩聚合(RRA)方法整合来自公共平台的多套ESCC 表达谱数据，在获取相关差异表达基因(DEGs)后通过构建蛋白互作(PPI)网络进行基因模块挖掘，使用TCGA 数据库中的ESCC 表达数据及免疫组化方法加以实验验证，以期寻找影响ESCC 发病机制的关键基因，为进一步探究ESCC 生物标志物和分子靶点提供新的科学思路。

    1 资料与方法

    1.1 资料来源 收集基因表达综合数据库(gene expression omnibus，GEO)中ESCC 转录组表达谱数据原始文件(raw data)。收集标准：包含癌组织及及癌旁组织且各组至少包含3 例。共收集到9 个系列的ESCC 表达谱数据：GSE77861、GSE77861、GSE100942、GSE26886、GSE17351、GSE38129、GSE33426、GSE20347、GSE23400。各数据集资料见图1。

    图1 9 个ESCC 表达谱数据

    1.2 数据预处理及整合转录组学差异基因分析 采用R 语言(3.6.2 版)中的Affy 包对原始数据进行预处理 ......