基于生物信息学方法分析KIF20A 与肝癌预后的关系
差异基因,样本,1材料与方法,2结果,3讨论
曹宝全,朱 洪(昆明医科大学第二附属医院肝胆胰外科一病区,云南 昆明 650000)
肝癌(liver cancer)属于消化系统最常见的恶性肿瘤,且每年约有60 万患者死于肝癌[1]。从宏观上看,肝癌可分为原发性肝癌和继发性肝癌,其中原发性肝癌的比例为75%~90%[2]。虽然肝部分切除和肝移植治疗早期肝癌是有效的[3],但由于在疾病早期,患者的症状不易引起重视,导致大多数患者在就诊时已处于肝癌的中晚期,其5 年生存率通常低于30%[4]。因此,寻找肝癌潜在生物标志物,对提高其诊断、治疗和预后具有重要意义。目前,鉴于现有第二代基因诊断技术的贡献,通过微阵列技术分析肝癌的基因表现谱后,发现很多基因与肝癌的发展密切相关[5]。因此,将基因芯片技术与生物信息学方法相结合,可以筛选出在肝癌发生发展中起关键作用的基因。本研究利用GEO 数据库中不同肝癌样本的基因表达数据,研究肝癌与正常肝组织中差异表达的基因,现报道如下。
1 材料与方法
1.1 数据来源 肝癌基因数据集GSE121248 的表达数据来自于GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)[6],其中有37 个肝脏正常组织样本和70 个肝癌组织样本。
1.2 基因筛选 利用R 软件分析下载的数据,设定|logFC|=1 ......
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