宏基因组二代测序在结核性脑膜炎早期诊断中的应用
核酸,脑脊液,阳性率,1mNGS技术常用原理,2脑脊液mNGS在TBM早期诊断中的应用,3脑脊液mNGS应用于TBM早期诊断存在的不足,4总结与展望
贾立斌,郑 榜,汪光柱,李润卓,杜工亮(1.西安医学院研究生部,陕西 西安 710021;2.陕西省人民医院急诊外科,陕西 西安 710068)
结核病(tuberculosis,TB)是由结核分枝杆菌(mycobacterium tuberculosis,MTB)感染引起的慢性传染性疾病。在2019 年,全球约有1000 万人感染TB,造成了极大的社会经济负担[1]。结核性脑膜炎(tuberculous meningitis,TBM)是MTB 感染脑膜、脊膜诱发的亚急性或慢性非化脓性中枢神经系统感染性疾病[2],是肺外结核最严重的一种类型[3]。TBM 多起病隐匿,早期的临床表现与其它类型脑膜炎相似,均可出现发热、头疼、呕吐等症状,而颈项强直、意识障碍等神经系统症状、体征则出现较晚;同时脑脊液抗酸染色涂片(acid-fast bacilli,AFB)、脑脊液MTB培养等方法灵敏度低、消耗时间长[4]。GeneXpert MTB/RIF(简称XpertMTB/RIF)是一种基于核酸扩增的肺外结核检测技术,具有快速、自动及灵敏度较高的优势,但其特异度较低,不能用做排除诊断[5],而且这些检测方法在成人、儿童及合并人体免疫缺陷病毒感染(human immunodeficiency virus infection,HIV)者中的诊断效能亦不尽相同[6],均给TBM 的早期诊断带来了极大的挑战。宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing,mNGS)是一种高通量、无偏倚对样本中所含脱氧核糖核酸(deoxyribonucleic acid,DNA)或核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)进行平行测序,再通过生物信息分析得出病原微生物信息的技术,包括样本采集、核酸提取、文库制备、测序、生物信息分析及报告解读等步骤[7]。近年来,mNGS 逐渐被应用于中枢神经系统感染性疾病的早期诊断[8,9],并取得了良好的效果。目前关于脑脊液(cerebrospinal fluid,CSF)mNGS 技术在TBM 早期诊断的应用研究虽然不多,但也取得了一些进展,现将脑脊液mNGS 在TBM 早期诊断中的应用综述如下。
1 mNGS 技术常用原理
自1977 年Sanger F 等[10]发明双脱氧链终止法进行DNA 测序以来,人类开始进入测序时代。核酸测序对生命科学、生物技术和医学发展的创造性和重要性 ......
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