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编号:448562
基于TCGA数据库构建和评估口腔癌的免疫相关预后模型
http://www.100md.com 2022年4月8日 医学信息 2022年第6期
高风险,曲线,1材料与方法,2结果,3讨论
     巴 颖,张核子,余晨笛,卢晓萍,操利超

    (深圳市核子基因科技有限公司,广东 深圳 518071)

    口腔癌(oral cancer)是头颈部较常见的恶性肿瘤之一,已引起全球关注[1]。在国际分类定义中,口腔癌是包括嘴唇、舌头、牙龈、口腔底部、颊粘膜、口腔前庭或磨牙后区等部位的癌症[2]。尽管目前对口腔癌的诊断和治疗方面已取得了一定的进展,但口腔癌患者的死亡率依然很高,主要原因之一是缺乏有效的预后生物标志物[3]。因此,探索口腔癌潜在的预后标志物和治疗靶点是当前亟需解决的问题。免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors,ICIs)是一种很有前景的免疫疗法,通过抑制负性调节受体发挥作用,如程序性细胞死亡受体1(programmed cell death protein 1,PD-1)和细胞毒性T淋巴细胞抗原4(cytotoxic T lymphocyte antigen 4,CTLA4),从而激活抗肿瘤免疫[4]。免疫治疗在口腔癌中具有更好的疗效,有关口腔癌免疫学的研究不断增加[5,6]。然而,由于肿瘤免疫微环境的异质性和复杂性,只有一小部分患者受益于免疫治疗,持续缓解的患者仍很少。许多免疫相关生物标志物被认为是口腔癌患者有用的预测指标,但目前尚缺乏一种理想的生物标志物用于临床[7-10]。为了预测和改善口腔癌患者的预后,本研究基于癌症基因组图谱-头颈部鳞状细胞癌(the cancer genome atlas-head and neck squamous cell carcinoma,TCGA-HNSC)队列构建和评估了口腔癌免疫相关预后模型,分析该预后模型与口腔癌患者临床病理特征之间的关系,探索肿瘤免疫微环境的特征,包括肿瘤浸润细胞构成、肿瘤突变负荷(tumor mutational burden,TMB)、以及PD-1/PD-L1/CLTA4的mRNA 表达水平,现报道如下。

    1 材料与方法

    1.1 数据获取 癌症基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)中mRNA 表达数据集和对应的临床信息从UCSC Xena 平台(https://xenabrowser.net/datapages/)下载,选择队列为癌症基因组数据共享系统(genomic data commons ......

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