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编号:448578
结核分枝杆菌B frA蛋白的生物信息学分析
http://www.100md.com 2022年4月8日 医学信息 2022年第6期
表位,结核病,1材料与方法,2结果,3讨论
     逄亚宁,王 聪,刘 奇,张 雷,李光华

    (大理大学基础医学院医学微生物与免疫学教研室,云南 大理 671000)

    结核病(tuberculosis,TB)是一种由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)感染引起的威胁人类健康的疾病,也是当今世界引发高死亡率的主要传染性疾病[1,2]。在寻找新的药物靶点、提高诊断技术、加强疫苗的保护力方面都面临着新的挑战[3]。铁是结核分枝杆菌生长与代谢的所需元素。BfrA 与BfrB 作为结核分枝杆菌的铁储存蛋白,在维持铁环境稳态中发挥关键作用,其主要是在压力环境下,通过维持铁的平衡进而保护结核分枝杆菌的生长。同时,二者在保护结核分枝杆菌免受氧化应激损害中也发挥了重要作用。BfrA 是结核分枝杆菌在低铁条件下生长的重要蛋白[4]。有研究发现[5],BfrA 蛋白对于活动性结核病具有诊断意义。本研究通过生物信息学技术对结核分枝杆菌BfrA 蛋白的结构和功能进行预测与分析,以了解其致病机制及寻找该蛋白在药物新靶点与诊断及预防方面的潜在应用价值,现报道如下。

    1 材料与方法

    1.1 资料来源 在NCBI GenBank数据库中获取MTB BfrA 蛋白的FASTA 形式氨基酸序列:

    登录号为NP_216392.1,其编码基因Rv1876的Gene ID 为885767。

    1.2 方法 运用NCBI的ORF Finder 在线软件分析基因Rv1876的开放阅读框架;通过NCBI的Blastp工具分析BfrA 蛋白与人类蛋白的同源性;采用ProtParam、ProtScale 和SOSUI 在线软件预测该蛋白理化性质;综合利用TargetP 和PSORT、TMHMM、SignalP 分析其在细胞中的定位与分泌情况;通过Motif Scan 预测其翻译后修饰位点;使用SOPMA、SWISS-MODEL 在线软件预测其二级结构和三级结构;采用BepiPred 和ABCpred 软件综合分析该蛋白B 细胞抗原表位;使用NetMHCII、NetMHCIIpan、NetCTL、SYFPEITHI 软件在线预测并分析其T 细胞抗原表位;运用STRING 软件预测其蛋白相互作用网络 ......

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