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编号:448624
hsa-miR-221-3p 靶基因预测及生物信息学分析
http://www.100md.com 2022年4月15日 医学信息 2022年第7期
编码,调控,通路,1材料与方法,2结果,3讨论
     李艳丽,谭仕廉,申元英,郭 乐

    (大理大学基础医学院,云南 大理 671000)

    MicroRNAs(miRNAs)是进化上高度保守且广泛存在于真核生物中的一类非编码单链小RNA 分子,大小为19~25 个核苷酸,通过与信使RNA(mRNA)结合抑制靶基因的表达或翻译来发挥转录后调控作用。目前大多数研究表明,miRNAs 在其靶mRNA 的3'UTR 处与特定序列结合,在转录后水平诱导靶基因失活降解或蛋白质翻译抑制。研究表明[1,2],miRNAs 在多种类型的癌症中差异表达。全基因组分析表明[3],50%的miRNA 基因位于与癌症相关的基因组区域或脆弱位点,其中一些已被确定为致癌基因或肿瘤抑制基因,如与瘤周淋巴管生成和淋巴结转移相关的miR-221-3p,其被发现在肿瘤转移进展中发挥作用。人类miR-221-3p(hsa-miR-221-3p)最初是自2003 年被Lim LP 等[4]团队在斑马鱼中克隆获得并得到证实的,同年另一团队[5]从老鼠神经元细胞中克隆获得了此基因,2004 年在人类白血病细胞HL-60中该基因又得到进一步证实。miR-221-3p 在多种实体瘤和血液系统肿瘤进展过程中异常表达[6-9],如肝癌、胃癌、肺癌、成神经管细胞瘤、宫颈癌、卵巢癌、乳腺癌、甲状腺癌、急性髓系白血病等,其发挥着类似癌基因的作用[10-13]。这提示hsa-miR-221-3p 在肿瘤的发生中发挥某些密切调控作用,这可能会为肿瘤的治疗提供新的靶点,因此有必要深入了解hsamiR-221-3p 的调节机制。本研究拟通过生物信息学分析方法预测提取hsa-miR-221-3p 靶基因数据交集,并对其进行GO 功能分析及KEGG 信号转导通路富集分析,为hsa-miR-221-3p 及其靶基因在肿瘤发生发展中的调控机制提供理论基础和研究线索。

    1 材料与方法

    1.1 hsa-miR-221-3p 的基因定位和物种序列保守性的预测分析 利用在线检索UCSC(http://genome-asia.ucsc.ed)数据库检索hsa-miR-221-3p 的基因序列号、染色体定位和基因位点等基本信息;利用miRBase(https://www.mirbase.org/)在线数据库检索hsa-miR-221-3p 成熟序列并分析其保守性 ......

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