基于生信学方法分析GSDM 基因家族在膀胱癌的表达及临床意义
癌症,通路,1资料与方法,2结果,3讨论
刘 坤,陈德春(资阳市雁江区中医医院泌尿外科,四川 资阳 641300)
膀胱癌(bladder cancer,BC)是一种相对常见的癌症,在恶性肿瘤中排名第9 位,在癌症死亡原因中排名第13 位[1]。BC 在男性中的发病率是女性的4倍多,在全球范围内,男性的发病率为9.6/10 万,女性的发病率为2.4/10 万。尽管该病发病率在过去几十年里有所下降,但自1987 年以来,BC 死亡率一直稳定在4.4/10 万[2]。BC 的组织学类型包括尿路上皮癌、腺癌、小细胞癌、浆细胞样癌和鳞癌。在工业化国家,尿路上皮癌占所有组织学类型的90%以上,根据临床分期,患者5 年生存率在30%~70%[3]。鉴于BC 是一种高发病率、高恶性、高复发率以及花费巨大的疾病,大量针对BC 的研究都取得了一定的进展。随着基因表达芯片技术的发展,人们可以更深入地研究疾病的分子机制。自消皮素(Gasdermin,GSDM)被发现以来,根据G 家族成员的N 端和CT端保守区域,已有6 个基因被归类为Gasdermin 家族成员,包括Gasdermin A(GSDMA)、B(GSDMB)、C(GSDMC)、D(GSDMD)、E(GSDME)/DFNA5 和DFNB59。研究表明[4],GSDM 参与上皮细胞发育、凋亡、焦亡、致癌作用和免疫相关疾病。其中细胞焦亡是一种炎症性、半胱天冬酶(caspase)依赖(caspase-1或caspase-4/-5/-11)的细胞死亡模式,由炎症小体(或焦亡小体)的形成引发,以应对感染或危险信号。这种死亡形式的特征是细胞膨胀并最终溶解[5]。目前对GSDM 的生物学功能和疾病相关性仍知之甚少。有证据表明,GSDM 在肿瘤细胞中被caspase激活后介导肿瘤坏死可以诱导强大的抗肿瘤免疫,这暗示了一种通过诱导肿瘤细胞焦亡来进行抗癌治疗的潜在策略,但其在BC 中所起的作用及其具体的分子机制尚不清楚[6]。因此本研究利用生物信息学方法分析BC 患者中GSDM 基因家族的表达,探讨其与临床病理之间的联系,旨在为了解癌细胞焦亡途径提供帮助,为临床的诊疗工作提供参考。
1 资料与方法
1.1 数据来源 使用UCSC Xena(https://xena.ucsc.edu/)数据库当中的“GDC TCGA Bladder Cancer(BLCA)”链接下载408 例BC 的RNA-Seq 数据[该数据采用log2(FPKM+1)进行标准化]以及448 例BC样本的生存数据。将二者进行匹配并将生存信息不完整的BC 患者排除在外 ......
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