基于生物信息学方法筛选PTCL-NOS关键基因及治疗药物
差异基因,淋巴瘤,通路,1资料与方法,2结果,3讨论
张洪禄,滕 悦,汤唯艳,汤依群,吴剑秋(1.江苏省肿瘤医院内科,江苏 南京 210000;2.中国药科大学基础医学与临床药学学院,江苏 南京 210000)
非特指性外周T 细胞淋巴瘤(PTCL-NOS)是外周T 细胞淋巴瘤(PTCL)中最常见的类型,超过30%的PTCL 患者被归类于PTCL-NOS[1]。由于PTCL-NOS 具有高度异质性和耐药性,目前所采用的一线方案是沿袭B 细胞淋巴瘤治疗方案而来,绝大部分治疗方案缺乏高水平的证据或生物学基础[2]。虽然近年来不断有针对PTCL-NOS 的新药面世,但此类患者与B 细胞淋巴瘤患者相比仍存在预后差、复发率高的问题,因此阐明PTCL-NOS 的分子机制和寻找有效药物对该病的治疗尤为重要。近年来,生物信息学技术在确定疾病潜在的关键基因靶点、信号途径,疾病诊断和疾病发生的预测等多方面发挥着越来越重要的作用。本研究使用R 语言软件与在线生物信息学分析工具,筛选影响PTCL-NOS 的关键信号通路和差异表达基因,并对可能对PTCL-NOS 产生治疗作用的药物进行筛选,以期为PTCL-NOS 的研究和治疗提供新的思路。
1 资料与方法
1.1 GEO 基因芯片的获取和分析 登录美国国立生物中心基因数据库(NCBI-GEO)网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/),将筛选研究类型设置为expressionprofilingbyarray,筛选种属为homospiens,检索词为expression data from PTCL 后,检索到GSE132550 芯片数据集,GSE132550 芯片数据集中包含了68 个PTCL-NOS 患者的样本,18 个Lennert淋巴瘤患者样本和16 个来自于健康志愿者T 细胞的样本。下载GSE132550 的表达谱(.txt 格式文件)和相关临床信息(.soft 格式文件)。应用GPL18281平台对其进行表达谱注释分析。选取GSE132550 芯片数据集中PTCL-NOS 和健康志愿者的样本进行进一步研究 ......
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