肾透明细胞癌细胞焦亡相关基因预后模型的建立与应用
聚类,通路,1材料与方法,2结果,3讨论
毛 伟,张 琳,刘清钊(1.重庆市南岸区人民医院药剂科,重庆 400060;2.陆军军医大学第一附属医院药剂科,重庆 400038;3.重庆市南岸区人民医院肾内科,重庆 400060)
肾细胞癌(renal cell carcinoma,RCC)是最常见的恶性肿瘤之一,在男性恶性肿瘤中排名第6,在女性恶性肿瘤中排名第9[1]。肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)是肾癌中最常见的亚型,其发病率占肾癌的70%~80%[2]。ccRCC 的病理生理学很复杂,除了肥胖、吸烟、高血压和糖尿病等因素外,还有多种基因突变[3]。因此,建立可以准确预测ccRCC 患者预后的工具用于指导临床诊治至关重要。细胞焦亡(pyroptosis)又称细胞炎性坏死,是一种程序性细胞死亡[4]。焦亡细胞以细胞肿胀和许多泡状突起为特征,在电子显微镜下,可以看到其首先形成大量的囊泡,当这些囊泡形成后,细胞膜上就会形成孔洞,孔洞破裂,内容物流出[5]。细胞焦亡主要依靠caspase 家族的部分蛋白,活化caspase 后裂解gasdermin 蛋白,促进炎症小体的转录和表达以及IL-1β、IL-18 等炎症因子的分泌,最终导致细胞死亡[6]。细胞焦亡最初被发现是抵抗感染的关键机制,越来越多的研究表明,它在肿瘤的发展中也起着重要作用。有研究报道[7],炎性小体、gasdermin 蛋白和炎症因子与肿瘤的发生、侵袭和转移有关。细胞焦亡在肿瘤的发生和抗肿瘤过程中起着重要的作用,但其在ccRCC 中的具体作用研究较少。因此,本研究拟建立焦亡相关评分模型,探讨ccRCC 中细胞焦亡、预后、免疫微环境以及免疫治疗之间潜在的相关性。
1 材料与方法
1.1 数据来源 从TCGA 数据库下载509 例ccRCC及71 例癌旁正常组织的转录组数据和临床数据,剔除年龄、性别、生存状态、病理分期缺失以及生存时间小于30 d 的样本,从ICGC 数据库中下载转录组数据及临床数据进行验证。
1.2 细胞焦亡相关基因的鉴定 利用“edgeR”包筛选ccRCC 与癌旁组织之间的差异表达基因(DEGs),筛选条件:|Log2FC|>1,FDR<0.05。从GO、MSigDB 数据库及先前的研究[8-13]中共获取到58 个焦亡基因,差异焦亡基因为58 个焦亡基因与DEGs 的交集。
1.3 一致性聚类 利用“ConsensusClusterPlus”包对差异焦亡基因矩阵进行一致性聚类,聚类值k 取2~6 ......
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