长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析
调控,1资料与方法,2结果,3讨论
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)为长度超过200 个nt的RNA 分子,其本身不编码蛋白,但在多种疾病的发生发展过程中发挥着调控作用。研究表明
,lncRNA 与肿瘤的发生发展、侵袭转移、耐药及预后密切相关。癌症易感候选基因9(cancer susceptibility candidate 9,CASC9)作为lncRNAs 家族的一员,被首次发现是在食管癌中的致癌作用,近年来被证实与越来越多的人类恶性肿瘤相关,其中大多数来源于鳞状上皮组织
。但目前对于长链非编码RNA CASC9的研究多为针对单独的靶点进行细胞内的实验研究,很少涉及对长链非编码RNA CASC9 在细胞内功能的整体研究,这使得对长链非编码RNA CASC9的功能至今还不明确。为了全面阐明长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控分子功能及生物学过程,本研究运用生物信息学分析方法,分析CASC9 在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,探索CASC9 在细胞内的功能作用和分子机制。
1 资料与方法
1.1 lncRNA CASC9 靶基因预测 经NCBI 基因数据库查询lncRNA CASC9的序列,经miRDB 数据库(http://www.mirdb.org/)和Starbase3.0 数据库(https://starbase.sysu.edu.cn/index.php)预测与CASC9 有miRNA-lncRNA 互作关系的miRNA,将miRDB 数据库预测到miRNA 与Starbase3.0 数据库预测到的miRNA 取交集进行进一步分析。
1)社会急需。医疗资源短缺、解决“看病难”根本出路在于深化医学教育改革[3]。多年来,由于我国临床医学培养的研究生大多重于学术能力培养,轻临床技能培养。我国医学教育改革正在全面推进医教协同,构建中国特色的标准化、规范化医学人才培养体系。可以培养既要有一定学术能力,又能胜任临床医生职责的高素质应用型人才[4]。
1.2 miRNAs 靶基因预测 在Starbase3.0 数据库中分别对miRNA 进行靶基因预测,选取预测程序个数为3,取预测到靶基因的评分排序前5 个,通过DAVI数据库进行靶基因的GO 注释和信号通路富集分析(Pathway)。
年初召开专题部署会议,各委室结合自身特点和履职重点确定年度议题,明确预期目标和实现举措;工作推进中,各委室积极走上去对接、走出去学习、走下去调研 ......
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