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编号:447933
长链非编码RNA CASC9的靶基因预测及信号通路富集分析
http://www.100md.com 2022年9月26日 医学信息 2022年第16期
调控,1资料与方法,2结果,3讨论
     袁晓霞,肖 杨,罗瑶敏,魏 晨,蒋振

    (川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室,四川 南充 637000)

    长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)为长度超过200 个nt的RNA 分子,其本身不编码蛋白,但在多种疾病的发生发展过程中发挥着调控作用[1-3]。研究表明[4-7],lncRNA 与肿瘤的发生发展、侵袭转移、耐药及预后密切相关。癌症易感候选基因9(cancer susceptibility candidate 9,CASC9)作为lncRNAs 家族的一员,被首次发现是在食管癌中的致癌作用,近年来被证实与越来越多的人类恶性肿瘤相关,其中大多数来源于鳞状上皮组织[8,9]。但目前对于长链非编码RNA CASC9的研究多为针对单独的靶点进行细胞内的实验研究,很少涉及对长链非编码RNA CASC9 在细胞内功能的整体研究,这使得对长链非编码RNA CASC9的功能至今还不明确。为了全面阐明长链非编码RNA CASC9在细胞内的调控分子功能及生物学过程,本研究运用生物信息学分析方法,分析CASC9 在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,探索CASC9 在细胞内的功能作用和分子机制。

    1 资料与方法

    1.1 lncRNA CASC9 靶基因预测 经NCBI 基因数据库查询lncRNA CASC9的序列,经miRDB 数据库(http://www.mirdb.org/)和Starbase3.0 数据库(https://starbase.sysu.edu.cn/index.php)预测与CASC9 有miRNA-lncRNA 互作关系的miRNA ......

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