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编号:447935
miRNA-mRNA 双重表达谱在前列腺癌分子调控机制中的作用
http://www.100md.com 2022年9月26日 医学信息 2022年第16期
1资料与方法,2结果,3讨论
     胡嘉莉,华琳

    (首都医科大学生物医学工程学院,北京 100069)

    前列腺癌(prostate cancer,PCa)是男性最常见的癌症之一,也是西方男性癌症死亡的第2 大原因。有资料显示[1],我国70 岁以上人群前列腺癌的发生率高达25%。早期前列腺癌不易被发现,大多数前列腺癌患者初诊时已经发生癌细胞转移,失去治愈的机会。在过去的几十年中,虽然前列腺癌的诊断技术已经得到了显著提高,而且前列腺特异性抗原(prostate-specific antigen,PSA)也被认为有助于提高前列腺癌的诊断率,但当前也有很多研究认为应用PSA 诊断前列腺癌并不完全成功。有研究表明,相比PSA,碱性磷酸酶(ALP)在评估治疗反应上的准确性更高[2]。miRNA(microRNA)是由18~25 个核苷酸组成的非编码RNA,参与基因表达的转录后调控[3]。研究认为[4],体液中miRNA 表达差异与前列腺癌患者的预后相关,可能成为评估前列腺癌患者预后的分子标记物。本文通过对前列腺癌的mRNA 和miRNA的双重表达谱的生物信息学分析,探讨miRNA 和mRNA 在前列腺癌中的分子调控机制并构建调控网络,报道如下。

    1 资料与方法

    1.1 前列腺癌的miRNA 表达谱数据及差异表达分析通过GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)获取前列腺癌的miRNA 表达谱数据,数据平台为GSE8126,该数据中包括60 个前列腺癌组织样本和15 个正常前列腺组织样本。通过对数据的预处理(中心化,对数变换和标准化),获得326 个miRNA的表达值。采用matlab 生物信息工具箱中的t检验筛选差异表达的miRNA,定义差异表达的miRNA为:P<0.05 且FDR<0.01,其中Fold_change>1.5 认为该miRNA 是上调的,Fold_change <1/1.5 认为该miRNA 是下调的。

    1.2 前列腺癌的mRNA 表达谱数据及差异表达分析通过GEO 数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)获取前列腺癌的mRNA 表达谱数据 ......

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