lncRNA-HMGCS1 的靶基因预测及信号通路富集分析
泛素,调控,1资料与方法,2结果,3讨论
肖 杨,蒋 振(川北医学院基础医学与法医学院生物化学与分子生物学教研室,四川 南充 637000)
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)作用范围广、功能多未探索,近年来引起了广泛关注。研究发现,lncRNA 在多种疾病的发生发展过程中发挥着调控作用,其与多种疾病的发生发展及预后密切相关。3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A 合成酶1(HMGCS1)是甲羟戊酸(MVA)途径的限速酶,催化HMG-CoA 的合成,HMGCR 的底物是MVA 的中间体[1-4]。HMGCS 有两种亚型,细胞溶质HMGCS1和线粒体HMGCS2。研究发现[5,6],HMGCS1 基因组扩增和突变涉及各种肿瘤类型,尤其是乳腺癌和肺癌。作为MVA 的中间体,HMG-CoA 也可以被HMGCl 催化产生酮体。HMGCS1 可通过HMGCL-乙酰乙酸轴增强BRAFV600E 依赖性MEK1 激活,从而促进BRAFV600E 阳性黑色素瘤的细胞增殖和肿瘤生长[7-10]。研究发现,甲羟戊酸(MVA)信号通路中的HMGCS1 在结肠癌组织中过表达,并正向调节细胞增殖及结肠癌细胞的迁移和侵袭。此外,HMGCS1 可增强PERK 的活性而不依赖于MVA 途径,抑制HMGCS1 可完全降低EGF 诱导的结肠癌细胞增殖[11-14]。然而,HMGCS1 在细胞内的作用及其在疾病发展中的作用仍不明确。为了全面阐明长链非编码RNA HMGCS1 在细胞内所调控的分子功能及生物学过程,本研究拟运用生物信息学方法,分析lncRNA-HMGCS1 在细胞内的调控靶基因及信号通路,并对其进行生物学功能注释,阐述lncRNAHMGCS1 在细胞内的功能作用和分子机制 ......
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