CPT1C 的表达水平与甲基化的关联及其对胃癌预后的影响
病理,1材料与方法,2结果,3讨论
陈 科,陈继军,陈赵乐,樊菲菲,刘传明(解放军空军军医大学第一附属医院急诊科,陕西 西安 710032)
胃癌(gastric cancer,GC)是最为常见的消化道恶性肿瘤之一。流行病学数据显示,2020 年美国GC新确诊患者27 600 例,当年病死于胃癌者11 010例,GC 已成为癌症相关死亡的主要原因之一[1,2]。目前我国GC 患者整体预后较差的主要原因为早期诊断不完善,早期或超早期患者比例较少,胃癌患者常发现于晚期,大多已出现远处转移或区域淋巴结转移[3]。因此,探索新的与胃癌发生发展密切相关的基因,对于开发新的胃癌患者预后或治疗反应率的生物学分子标志物,以及可能成为胃癌靶向分子的意义重大。本研究通过公共数据库探讨肉碱棕榈酰转移酶1C(carnitine palmitoyltransferase 1C,CPT1C)在胃癌组织中的基因表达水平和与甲基化的关联,及与患者临床病理特征和预后的关系,并通过GSEA富集分析对CPT1C 可能参与的信号通路进行分析,以期为CPT1C 在胃癌中的研究提供依据和方向。
1 材料与方法
1.1 TCGA 资料下载 从TCGA 数据库(https://portal.gdc.cancer.gov)下载有关胃癌的表达谱数据和临床表型数据,采用R 语言(版本:3.5.1)提取CPT1C 数据,分析其表达水平与临床病理参数及预后的关系。
1.2 TCGA 数据处理和分析 删除胃癌患者中生存时间<30 d 的样本,以CPT1C 表达量的中位数将其分为高表达组和低表达组。然后使用GSEA 4.0.1 软件对高表达组和低表达组的样本进行基因集富集分析,其中c2.cp.kegg.v 6.0.symbols.数据集从GSEA 网站的MisgDB 数据库获取,采用缺省加权富集统计方法进行富集分析,设置随机组合次数为1000 次。最后使用R 语言的ggplot2 包进行多GSEA 富集分析的图形绘制。
1.3 Kaplan-Meier Plotter 数据分析 在Kaplan-Meier Plotter 数据分析平台中检索CPT1C 基因,并应用在线分析软件绘制CPT1C 高低表达的生存曲线 ......
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