肿瘤微环境免疫细胞中差异lncRNA 对肝细胞癌预后的预测价值
单细胞,测序,肝癌,1资料与方法,2结果,3讨论
彭莉蓉,黎村艳,史杨(1.湖南师范大学附属第一医院检验科,湖南 长沙 410005;2.人类干细胞国家工程研究中心,湖南 长沙 410000)
目前,免疫检查点阻断治疗对多种类型肿瘤具有显著的疗效,但由于肝癌免疫微环境的复杂性以及耐受状态导致肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者的应答率要比其他肿瘤较低[1]。因此,深入地了解肝癌的免疫微环境和免疫调控关系有助于发掘新的治疗靶点和提高临床治疗效果。随着lncRNA研究的拓展,越来越多的报道开始阐述lncRNA 在肝癌免疫调控过程中的作用。如lncRNA Lnc-Tim3通过与Tim-3 结合并诱导Bat3 核转位,从而加剧HCC 中CD8+T 细胞衰竭[2]。LncRNA FENDRR 可以通过海绵作用吸附miR-423-5p 上调GADD45B,从而抑制Treg 介导的肝癌免疫逃逸[3]。肝癌患者移植瘤模型发现lnc-EGFR 在Treg 细胞中上调,且与肿瘤大小、EGFR/Foxp3 表达成正比,机制上lnc-EGFR以EGFR 依赖的方式促进Treg 细胞分化、抑制CTL的活性从而促进肝癌生长[4]。以上研究都从不同程度上揭示了lncRNA 对肝癌免疫微环境的影响,但由于lncRNA 的表达具有明显的组织和发育阶段特异性,从单个细胞水平上系统分析lncRNA 的表达有助于在高度复杂的肝癌微环境中更详细地了解这些lncRNA 分子在免疫细胞中的表达特性。为此,本研究联合单细胞转录组测序数据和TCGA 数据描绘了肝癌免疫细胞中lncRNA 的分布情况,筛选重要的lncRNA 分子并建立预后模型,为临床免疫治疗提供更为充分的理论依据和更为精准的预后判断指标。
1 资料与方法
1.1 单细胞数据分析 单细胞数据来源于GEO 数据库中的GSE140228[5],从该数据中挑选有肿瘤及癌旁数据的3 个患者(DSM27、DSF22 和DSN09)的肿瘤及对应癌旁单个CD45+细胞数据进行分析。使用Seurat 包分析测序数据,筛选出检测到超过50 个基因的细胞,联合SingleR 包计算结果以及细胞注释文件推断细胞类型,基于PC 的邻接距离进行TSNE聚类分析构建图形 ......
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