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编号:448314
基于数据挖掘AGR2 在胰腺癌中的表达及预后潜力
http://www.100md.com 2023年1月16日 医学信息 2022年第22期
甲基化,癌症,1资料与方法,2结果,3讨论
     王雨娜,吴冬桂,赵 贝

    (1.大理大学基础医学院,云南 大理 671000;2.珠海市人民医院外科,广东 珠海 519000)

    胰腺癌(pancreatic adenocarcinoma,PAAD)[1]是全球癌症死亡的主要原因,患者生存率不到7%。在欧美等发达国家,胰腺癌的发病率和死亡率最高。胰腺癌可能由遗传性生殖系或癌症相关基因的体细胞获得性突变引起,突变也会导致癌症进展和转移,对基因肿瘤水平的研究分析寻找胰腺癌的潜在治疗靶点为治疗预防胰腺癌的发生发展提供了有力的发展方向。前梯度蛋白2(recombinant anterior gradient 2,AGR2)是一种原癌基因[2],最近的研究表明[3-5],AGR2 的高表达与各种人类癌细胞系的细胞增殖、转移和耐药性有关。此外,AGR2 的高表达也被证明是胰腺癌存活率低的预测因素。为此,本研究基于生物信息学分析,重点探究AGR2 与胰腺癌的密切关系,以期为未来的医学发展提供指导方向。

    1 资料与方法

    1.1 利用GEO 数据库挖掘AGR2 基因 GEO 是一个基因表达数据仓库和在线资源,用于从任何物种或人造的来源检索基因表达数据,本研究原始数据均从GEO 数据库下载并通过R 3.2.2 集成。

    1.2 利用Oncomine 数据库分析AGR2 在胰腺癌与非瘤组织的相关性 在Oncomine 数据库中设定筛选和挖掘数据的条件:①Gene:AGR2;②Analysis Type:Cancer vs.Normal;③Cancer Type:Pancreatic Carcinoma;④Data Type:mRNA;⑤Sample Type:Clinical Specimen;⑥临界值设定条件(Pvalue<1E-4,fold change 2,gene rank=top 10%,data type=all)。

    1.3 在GEPIA2 数据库分析AGR2 基因在各肿瘤组织中的表达 GEPIA2(http://gepia2.cancer-pku.cn/)是一个常用的交互式网站,用于绘制给定基因的表达谱。GEPIA 包含来自TCGA 和GTEx 数据库的9736 个肿瘤和8587 个正常组织,根据基因表达水平进行生存分析,本研究通过GEPIA2 获取AGR2在各种肿瘤中的表达情况。

    1.4 通过GEPIA2 分析胰腺癌中AGR2 与相似基因的相关度 据报道与胰腺癌相关的基因有S100P、C-K-RAS、CDC25B、HER,在数据库GEPIA2 对这些基因与AGR2 基因的相关性进行统计学分析 ......

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